若起诉离婚时小产权房登记在女儿名下，需先明确房屋实际权属，再根据不同情况处理分割问题。具体分析如下：

1. 若房屋实际为夫妻共同财产，仅登记在女儿名下
   需收集证据证明购房款来源、出资比例、实际居住使用情况等，证明房屋虽登记在女儿名下，但实际由夫妻共同出资购买或用于共同生活。例如：

   • 购房合同、付款凭证显示资金来自夫妻共同财产；
     
   • 房屋长期由夫妻居住，女儿未实际使用或管理；
     
   • 双方曾约定房屋归夫妻共有（如书面协议、聊天记录等）。
     若证据充分，法院可能认定房屋为夫妻共同财产，依法分割（如一方取得产权，给予另一方补偿；或拍卖后分割价款）。

2. 若房屋为父母对女儿的赠与，且赠与行为已完成
   根据《民法典》第657条，赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受的合同。若父母明确表示将房屋赠与女儿（如签订赠与协议、办理过户登记），且无撤销赠与的法定情形（如严重侵害赠与人权益、不履行赡养义务等），房屋归女儿所有，不作为夫妻共同财产分割。
   例外：若赠与发生在婚姻关系存续期间，且未明确约定仅赠与女儿一方，可能被认定为夫妻共同财产（需结合具体证据判断）。

3. 若房屋为家庭共同财产（如夫妻与女儿共同出资购买）
   需明确各方出资比例，按份共有处理。例如：

   • 夫妻出资70%，女儿出资30%，则房屋按7:3比例分割；
     
   • 若无法证明出资比例，可能按等额共有处理，但需结合实际使用情况、贡献度等综合判断。

4. 若房屋权属存在争议（如登记错误、借名买房等）
   需通过行政诉讼或民事诉讼确认权属。例如：

   • 若房屋实际为夫妻借女儿名义购买（如为规避限购政策），需提供借名协议、实际出资证明等，主张房屋实际权属；
     
   • 若登记错误（如误将夫妻财产登记在女儿名下），需通过更正登记程序纠正。

建议行动步骤：

1. 收集房屋购买合同、付款凭证、出资证明、居住使用证据等材料；
   
2. 与女儿沟通，了解其对房屋权属的认知及意愿；
   
3. 咨询律师，结合证据分析房屋实际权属及分割可能性；
   
4. 根据律师建议，选择协商、调解或诉讼方式解决争议。
   

注：小产权房因未取得合法产权登记，可能面临拆迁补偿、交易限制等风险，处理时需综合考虑实际使用需求、法律风险及家庭关系等因素。如有进一步疑问，可直接向我咨询。