结论：女儿父亲有案底，一般情况下不影响女儿与军人结婚，但需注意特定情况下可能存在的限制，尤其是涉及政治审查的环节。以下从不同角度详细分析：
一、法律层面：婚姻自由原则
根据我国《民法典》的相关规定，婚姻自由是公民的基本权利之一，包括结婚自由和离婚自由。这意味着，只要双方符合法定结婚条件（如年龄、无禁止结婚的亲属关系等），且自愿结婚，就可以依法登记结婚。父亲有案底，并不属于法律禁止结婚的情形，因此，从法律层面讲，女儿与军人结婚不受此限制。
二、军人婚姻的特殊规定
虽然法律上没有直接禁止有案底家庭成员的人与军人结婚，但军人婚姻有其特殊性，主要体现在政治审查方面。根据军队的相关规定，军人结婚需要进行政治审查，以确保双方的政治立场、思想品质等符合军队的要求。
政治审查的内容：政治审查通常包括对双方家庭成员、主要社会关系的政治历史、现实表现等方面的审查。虽然父亲有案底可能会成为审查的一个方面，但并非决定性因素。审查机关会综合考虑多种因素，如案底的性质、严重程度、时间跨度以及女儿本人的表现等。
可能的影响：如果父亲的案底涉及严重违法犯罪行为，且对女儿的政治立场、思想品质等产生负面影响，那么可能会对女儿与军人结婚产生一定的阻碍。但这种情况并非绝对，具体还需根据审查机关的判断和决定。
三、实际操作中的建议
提前了解政策：在决定与军人结婚前，女儿可以提前了解军队关于婚姻登记的政治审查政策，以便做好相应的准备。
如实陈述情况：在政治审查过程中，女儿应如实陈述父亲有案底的情况，不要隐瞒或谎报。隐瞒或谎报可能会对审查结果产生不利影响。
积极展示自身品质：女儿可以通过展示自己的政治立场、思想品质、工作表现等方面的优势，来弥补父亲有案底可能带来的负面影响。
寻求专业帮助：如果女儿对政治审查过程或结果存在疑虑或担忧，可以寻求专业律师或相关部门的帮助，以获取更准确的指导和建议。
最后，女儿父亲有案底并不直接构成女儿与军人结婚的障碍。但考虑到军人婚姻的特殊性，女儿在决定结婚前应充分了解相关政策，并做好相应的准备。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。