非法运输二级保护动物构成非法运输珍贵、濒危野生动物罪，其判定需结合行为要件、主观要件、客体要件及量刑情节综合认定，具体分析如下：

1. 行为要件判定
   根据《刑法》第三百四十一条及《野生动物保护法》第二十七条，非法运输二级保护动物需满足以下行为特征：

   • 未经许可：未取得省级野生动物保护主管部门核发的《野生动物准运证》，或超出准运证规定的种类、数量、期限、运输路线运输；
     
   • 运输行为：包括公路、铁路、航空、水运等跨区域转移行为，即使未完成运输全程，只要实施了装载、中转等环节即构成既遂；
     
   • 动物状态：运输的动物需为活体或完整尸体，若为动物制品（如皮毛、骨骼）则可能涉及其他罪名（如非法出售、收购珍贵、濒危野生动物制品罪）。
     

2. 主观要件判定
   行为人需具备故意，即明知运输对象为国家二级保护动物仍实施运输行为。若因疏忽大意（如误认普通动物为保护动物）或被欺骗（如他人伪造证件）运输，可能不构成犯罪，但需承担行政责任。

3. 客体要件判定
   本罪侵犯的客体是国家对珍贵、濒危野生动物的保护制度。二级保护动物属于《国家重点保护野生动物名录》中的物种，其运输行为直接威胁物种生存和生态平衡，符合客体要件。

4. 量刑情节判定

   • 情节严重：运输数量达到一定标准（如2只以上），或存在多次运输、以营利为目的等情节，可处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
     
   • 情节特别严重：运输数量巨大（如10只以上），或造成保护动物死亡、严重破坏生态等后果，可处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；
     
   • 从轻或减轻情节：如自首、立功、主动停止运输并上缴动物等，可依法从宽处理。
     

实务建议：若涉及非法运输二级保护动物案件，需立即停止行为并主动向林业公安或野生动物保护部门报告，配合调查并提交运输许可、动物来源证明等材料。如有争议，可委托律师通过行政复议或刑事辩护程序维护权益。