物流公司运输危险品被抓，核心处理方式取决于是否合法合规运输，若违法则面临行政处罚甚至刑事责任，若合规则需配合调查并说明情况。以下是具体分析：

1. 若物流公司未取得危险品运输资质或违反运输规定
   根据《危险化学品安全管理条例》第八十五条，未取得危险货物道路运输许可擅自运输的，由交通运输主管部门责令改正，没收违法所得，并处10万元以上20万元以下罚款；构成犯罪的（如造成严重后果），依法追究刑事责任（《刑法》第一百三十三条之一危险驾驶罪，可处拘役并处罚金）。
   典型场景：未使用专用车辆、未配备押运员、未悬挂警示标志、超载运输等。

2. 若物流公司已取得资质但存在操作违规
   例如未按规定路线行驶、未随车携带危险货物运单、未定期检查车辆安全设施等，根据《危险货物道路运输安全管理办法》第六十二条，由交通运输主管部门责令改正，处1000元以上3000元以下罚款；情节严重的，暂扣或吊销道路运输经营许可证。

3. 若运输过程中发生事故（如泄漏、爆炸）
   除行政处罚外，还需承担民事赔偿责任（如环境污染修复费用、周边居民损失赔偿），若涉嫌重大责任事故罪（《刑法》第一百三十四条），对直接责任人可处三年以下有期徒刑或拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

4. 合规运输但被误查时的处理
   物流公司应立即配合执法部门调查，提供《道路运输经营许可证》《危险货物道路运输许可证》、驾驶员/押运员从业资格证、运单、安全卡等证明材料。若证件齐全且操作合规，执法部门核实后会解除查扣，但可能因检查导致运输延误，需与托运方协商后续安排。

建议行动步骤：

• 立即停止运输，保护现场并报警；
  
• 确认是否取得《危险货物道路运输许可证》及车辆、人员资质；
  
• 整理运输合同、运单、安全检查记录等证据；
  
• 咨询律师评估是否构成犯罪及量刑风险，制定应对方案。
  

若有具体案件细节（如是否造成人员伤亡、运输物品类型等），可进一步向我说明，我会结合法律条文和实务经验为您分析。