商铺托管协议本身并不违法，但其合法性取决于协议的具体内容以及签订和履行过程中是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度为你详细分析：
协议内容合法性
双方真实意思表示：商铺托管协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。
内容不违反法律强制性规定：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，协议中不能约定非法经营、偷税漏税等违法内容。
权利义务明确：协议应明确双方的权利和义务，包括托管期限、托管费用、托管方式、违约责任等。如果协议内容模糊不清，可能导致双方在履行过程中产生争议。
签订和履行过程中的合法性
主体资格：签订商铺托管协议的双方应具备相应的民事行为能力。如果一方是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，那么该协议可能因主体资格问题而被认定为无效或可撤销。
合法经营：托管方在托管期间应合法经营，遵守相关法律法规和规章制度。如果托管方在托管期间从事违法活动，如非法经营、销售假冒伪劣产品等，那么不仅可能面临法律责任，还可能影响协议的合法性。
履行义务：双方应按照协议约定履行各自的义务。如果一方未履行或未完全履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。同时，如果一方在履行过程中存在违法行为，也可能影响协议的合法性。
可能的法律后果
协议无效：如果商铺托管协议存在上述违法情形，如欺诈、胁迫、内容违法等，那么该协议可能被认定为无效。无效协议自始没有法律约束力，双方应返还因协议取得的财产，并可能承担过错赔偿责任。
违约责任：如果一方未按照协议约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。违约责任的形式包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
行政处罚或刑事责任：如果托管方在托管期间从事违法活动，如非法经营、偷税漏税等，还可能面临行政处罚或刑事责任。这不仅会影响托管方的声誉和信誉，还可能给其带来严重的经济损失。
建议
在签订协议前仔细审查：在签订商铺托管协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议合法、有效且符合双方真实意思表示。如有必要，可以咨询专业律师的意见。
明确双方权利和义务：协议中应明确双方的权利和义务，包括托管期限、托管费用、托管方式、违约责任等。这有助于减少双方在履行过程中的争议和纠纷。
遵守相关法律法规：在签订和履行协议过程中，双方应遵守相关法律法规和规章制度，确保合法经营和履行义务。如有违法行为，将可能面临法律责任和声誉损失。
如果你在商铺托管协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。