书店侵权商标是否会有“案底”，这主要取决于侵权行为的性质、后果以及是否受到行政处罚或刑事处罚。以下从不同角度为你详细分析：

1. 行政处罚与“案底”：

   • 如果书店的商标侵权行为被工商行政管理部门查处，并受到了行政处罚（如罚款、没收违法所得、责令停止侵权行为等），那么这次处罚记录会被保留在工商行政管理部门的档案中。虽然这通常不被称为“案底”（在刑事法律语境中，“案底”一般指犯罪记录），但它确实是一个不良记录，可能对书店的信誉和经营产生影响。
   • 行政处罚记录本身不会直接导致书店或其负责人被限制从事某些活动（如贷款、出国等），但在某些情况下，如申请政府补贴、参与招投标等，可能会因不良记录而受到不利影响。

2. 刑事处罚与“案底”：

   • 如果书店的商标侵权行为情节严重，构成了犯罪（如假冒注册商标罪、销售假冒注册商标的商品罪等），那么书店或其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能会受到刑事处罚。
   • 一旦受到刑事处罚，就会留下所谓的“案底”，即犯罪记录。这将对个人未来的就业、出国、贷款等方面产生严重影响，甚至可能影响子女的某些权益（如报考公务员时的政审环节）。

3. 民事赔偿与影响：

   • 除了行政处罚和刑事处罚外，书店还可能因商标侵权行为而面临民事赔偿。商标权人可以向法院提起民事诉讼，要求书店赔偿因其侵权行为造成的损失。
   • 民事赔偿记录虽然不会直接形成“案底”，但也会对书店的财务状况和信誉产生负面影响。

建议：

• 书店应严格遵守商标法律法规，避免使用未经授权的商标，确保所售商品的合法性。
• 如果书店已经涉嫌商标侵权，应尽快与商标权人协商解决，或寻求法律帮助以减轻可能的法律后果。
• 书店应定期进行法律合规审查，确保经营活动符合法律法规要求，降低法律风险。

如有任何关于商标侵权或其他知识产权方面的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。