结论：在怀孕不确定孩子父亲是谁的情况下，是否可以起诉取决于具体的法律诉求和事实情况。以下从不同角度为你详细分析：
一、若诉求是确认亲子关系
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，亲子关系的确认可以通过诉讼方式进行。如果一方对亲子关系有异议，可以提起诉讼，请求法院确认或否认亲子关系。
法律建议：
- 如果你不确定孩子的父亲是谁，且希望确认亲子关系，可以向法院提起确认亲子关系之诉。在诉讼过程中，法院可能会要求进行亲子鉴定，以科学的方式确定亲子关系。
- 需要注意的是，亲子鉴定需要被鉴定人的同意，如果对方拒绝配合，法院可能无法直接强制进行鉴定。但在某些情况下，如涉及继承、抚养等法律权益时，法院可能会根据具体情况作出判断。
二、若诉求是要求对方承担抚养责任
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，父母对子女有抚养教育的义务。如果孩子出生后，你希望对方承担抚养责任，但对方否认亲子关系，你可以通过诉讼方式要求确认亲子关系，并进而要求对方承担抚养责任。
法律建议：
- 在提起诉讼前，建议你收集相关证据，如与对方的交往记录、可能的怀孕时间等，以支持你的诉求。
- 如果法院最终确认了亲子关系，对方将需要承担抚养责任，包括提供生活费、教育费、医疗费等。
三、若诉求是涉及婚姻关系（如离婚时财产分割、抚养权争议）
法律背景：
- 如果怀孕发生在婚姻关系存续期间，且你希望离婚并处理财产分割、抚养权等问题，但对方对孩子的亲子关系提出异议，这将影响离婚诉讼的进程和结果。
法律建议：
- 在这种情况下，你需要先解决亲子关系的问题。如果亲子关系得到确认，法院将根据《中华人民共和国民法典》关于离婚、财产分割、抚养权的规定进行处理。
- 如果亲子关系无法确认，法院可能会根据具体情况作出判断，如考虑孩子的利益、双方的抚养能力等因素来决定抚养权的归属。
四、其他注意事项
- 证据收集：在提起任何诉讼之前，建议你尽可能收集相关证据，如聊天记录、照片、视频、证人证言等，以支持你的诉求。
- 法律程序：诉讼过程可能复杂且耗时，建议你咨询专业律师（即我本人，肖丹律师，专注于离婚、婚姻家庭等领域），以了解具体的法律程序和策略。
- 心理准备：面对亲子关系不确定的情况，你可能需要做好心理准备，接受可能的结果，并寻求必要的心理支持。
最后，如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。