不起诉的案件是否会留下案底，主要取决于不起诉的具体类型及案情。以下是对此问题的详细分析：
一、不起诉的类型及案底情况
法定不起诉（绝对不起诉）
- 情形：包括情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的；以及其他法律规定免予追究刑事责任的。
- 案底情况：由于犯罪嫌疑人的行为本身不构成犯罪或者依法不应被追究刑事责任，因此不会留下案底。
酌定不起诉（相对不起诉）
- 情形：犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的。
- 案底情况：虽然犯罪嫌疑人的行为构成了犯罪，但由于情节轻微等原因不需要判处刑罚或免除刑罚，一般情况下不会留下案底。然而，在某些特定系统内，如涉及特殊行业就业背景审查等，可能会留下相关记录，但这些记录不等同于通常意义上的“案底”。此外，部分地区对于符合特定条件的酌定不起诉案件，会探索进行案底封存等特殊处理方式，以减少对当事人的不利影响。
证据不足不起诉（存疑不起诉）
- 情形：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的。
- 案底情况：存疑不起诉是基于证据不足无法认定犯罪嫌疑人有罪而作出的决定，按照“疑罪从无”的原则，一般不会留下案底。但若未来有新的证据出现，案件可能重新被审视，最终确定构成犯罪的，则可能会留下案底。
二、特殊情况说明
- 行政处罚或其他处分：即使检察院作出不起诉决定，但如果认为犯罪嫌疑人存在犯罪事实且情节显著轻微危害不大，虽然不会给予刑事处罚，但可能会给予行政处罚或其他处分。此时，通常会留有相应的记录，但这不属于传统意义上的“案底”。
- 特定行业就业背景审查：在涉及国家安全、特定行业就业背景审查等特殊情形下，司法机关或相关单位可能会对个人的涉法情况进行更为细致的审查。此时，即使是不起诉的决定，相关记录也可能被作为参考，但这并不等同于通常意义上的“案底”。
三、法律建议
- 了解不起诉类型：当事人在面对不起诉决定时，应首先了解不起诉的具体类型，以便判断是否会留下案底。
- 咨询专业意见：如有任何疑问或需要更详细的法律咨询，可以直接向我咨询，以获取最准确的信息和指导。
- 注意后续影响：即使不起诉决定不会留下案底，当事人仍需注意可能的后续影响，如在特定领域的就业或社会评价方面。
综上所述，不起诉的案件是否会留下案底，需根据不起诉的具体类型及案情来判断。在大多数情况下，法定不起诉和无违法犯罪事实的不起诉不会留下案底；而酌定不起诉和存疑不起诉虽然一般也不会直接留下案底，但在某些特定情境下可能留有相关记录。因此，当事人在面对不起诉决定时，应了解其具体类型和可能的影响，以便做出适当的应对。