司法亲子鉴定的司法鉴定章，一个机构通常不可以有两枚。以下是对这一问题的详细分析：

司法鉴定章的唯一性

司法鉴定章是司法鉴定机构在进行司法鉴定活动时，用于证明鉴定意见真实性和合法性的重要凭证。根据司法鉴定管理的相关规定和惯例，每个司法鉴定机构通常只配备一枚司法鉴定章，以确保鉴定意见的权威性和唯一性。

司法鉴定章的管理与使用

1. 严格管理：司法鉴定章由司法鉴定机构统一管理，使用时需经过严格的审批程序，确保鉴定意见的合法性和准确性。
2. 唯一对应：每份司法鉴定意见书都应对应唯一的司法鉴定章，以防止伪造或篡改鉴定意见。

特殊情况下的处理

虽然一般情况下司法鉴定机构只配备一枚司法鉴定章，但在某些特殊情况下，如机构规模扩大、业务量增加等，如果确实需要增加鉴定章，应经过相关部门的批准和备案，并确保新章与旧章在管理和使用上严格区分，避免混淆和滥用。然而，这种情况并不常见，且需严格遵循相关法律法规和程序。

法律后果与风险提示

如果司法鉴定机构擅自制作或使用多枚司法鉴定章，可能会面临法律责任和行政处罚。同时，这也可能损害鉴定意见的权威性和公信力，对当事人的合法权益造成损害。

建议与总结

1. 遵守规定：司法鉴定机构应严格遵守相关法律法规和程序，确保司法鉴定章的唯一性和合法性。
2. 加强管理：建立健全司法鉴定章的管理制度，加强审批、使用和保管等环节的管理，防止滥用和伪造。
3. 咨询专业：如果您对司法鉴定章的管理和使用有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。

综上所述，司法亲子鉴定的司法鉴定章一个机构通常不可以有两枚，这是为了确保鉴定意见的权威性和唯一性。如有特殊情况需要增加鉴定章，应经过相关部门的批准和备案。