在租赁商铺的合同中明确约定甲方（出租方）配合乙方（承租方）办理证件并提供相应手续，是非常重要且必要的条款，这能避免后续因手续提供问题产生纠纷。以下为你详细说明合同条款的撰写要点及示例：

撰写要点

1. 明确配合事项：清晰列举出需要甲方配合办理的具体证件，如营业执照、消防许可证、卫生许可证等，让双方对配合范围有明确认知。
2. 规定提供手续内容：详细说明甲方需要提供的具体手续，例如房产证明、租赁合同、身份证明等文件，确保乙方办理证件时有清晰的指引。
3. 设定配合时间：为甲方配合办理证件和提供手续设定合理的时间期限，避免甲方拖延影响乙方正常经营。
4. 约定违约责任：明确若甲方未按照合同约定配合乙方办理证件或提供相应手续，应承担的违约责任，以此约束甲方履行义务。

合同条款示例

甲方义务条款：

1. 甲方应积极配合乙方办理与租赁商铺经营相关的各类证件，包括但不限于营业执照、消防许可证、卫生许可证等。
2. 在乙方提出办理相关证件需求后的[X]个工作日内，甲方应向乙方提供办理上述证件所需的全部手续，包括但不限于房产证明原件及复印件、租赁合同原件及复印件、甲方身份证明原件及复印件等。如因甲方提供的手续不齐全或不符合要求导致乙方无法顺利办理证件，甲方应在接到乙方通知后的[X]个工作日内补齐或更正相关手续。
3. 在办理证件过程中，甲方应根据乙方的要求，及时签署相关文件、提供必要的协助，如配合乙方到相关部门接受询问、提供情况说明等。

违约责任条款： 若甲方未按照本合同约定配合乙方办理证件或提供相应手续，每逾期一日，应按照租金总额的[X%]向乙方支付违约金；逾期超过[X]日的，乙方有权解除本合同，甲方除应退还乙方已支付的未使用期间的租金外，还应按照租金总额的[X%]向乙方支付违约金，并赔偿乙方因此遭受的全部损失，包括但不限于办理证件的费用、因无法及时开业导致的经营损失等。

你可以根据实际情况对上述条款中的时间、比例等内容进行调整和修改。如果在撰写合同过程中还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。