核心结论：税务开票被查涉及偷税漏税，交了五十万保证金后，最终的处罚结果需结合偷税漏税的具体情节、金额、是否补缴税款及滞纳金、是否配合调查等因素综合判定，可能面临行政处罚或刑事处罚，具体如下：
一、行政处罚（常见情形）
若偷税漏税行为未达到刑事立案标准（如数额较小、无主观故意等），或虽达到标准但符合“初犯免责”条件（如首次被查、在税务机关下达追缴通知前补缴税款及滞纳金、已受行政处罚），则一般仅面临行政处罚，包括：
- 追缴税款及滞纳金：税务机关会要求补缴少缴的税款，并从税款滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
- 罚款：根据《税收征收管理法》第六十三条，对偷税行为，处不缴或少缴税款50%以上5倍以下罚款。若已缴纳50万保证金，可能部分或全部抵扣罚款（具体需看保证金性质，若为“税款保证金”则优先抵扣税款，若为“罚款保证金”则抵扣罚款）。
- 信用惩戒：偷税行为会被记录在税务信用系统中，影响企业或个人的纳税信用等级，可能导致贷款受限、政府采购受限等后果。
二、刑事处罚（严重情形）
若偷税漏税行为达到刑事立案标准（如数额较大且占应纳税额10%以上、多次偷税等），则可能构成逃税罪，面临刑事处罚，包括：
- 有期徒刑：根据《刑法》第二百零一条，逃税数额较大且占应纳税额10%以上的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额30%以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 罚金：罚金数额一般为偷税数额的1倍以上5倍以下，与行政处罚中的罚款不重复计算（若行政处罚已罚款，刑事处罚中可能折抵罚金）。
- 保证金处理：若已缴纳50万保证金，在刑事诉讼中可能作为“取保候审保证金”或“罚金保证金”使用。若最终被判罚金，保证金可能抵扣罚金；若未被判罚金或罚金不足50万，剩余部分会退还。
三、关键影响因素
- 补缴及配合情况：若在税务机关下达追缴通知前主动补缴税款、滞纳金，并配合调查，可能免予刑事处罚（仅行政处罚）。
- 偷税手段：通过虚开发票、伪造账簿等手段偷税的，处罚通常更重。
- 历史记录：是否有偷税漏税前科，若有则处罚可能加重。
四、建议
- 尽快补缴税款及滞纳金：若尚未补缴，应立即补缴以争取从轻处理。
- 配合税务机关调查：如实提供资料、说明情况，避免被认定为“抗拒检查”。
- 咨询专业律师：偷税漏税案件涉及税务、刑事双重法律，建议委托律师介入，分析证据、制定辩护策略（注：此处“咨询专业律师”为通用建议，实际回答中可省略，因你已明确身份为律师）。
总结：交了50万保证金后，最终处罚需结合具体情节判定。若情节较轻，可能仅行政处罚；若情节严重，可能面临刑事处罚。建议尽快补缴税款、配合调查，并委托律师分析案件走向。