刑事案件中，检察院将案件退回公安机关进行补充侦查的次数最多为两次。这一规定主要基于《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关条款，旨在确保司法程序的效率，防止案件因反复补充侦查而久拖不决，同时也充分保障了犯罪嫌疑人的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：

一、补充侦查的次数限制

根据《刑事诉讼法》第一百七十五条的规定，对于需要补充侦查的案件，补充侦查以二次为限。这意味着，检察院只能将案件退回公安机关进行两次补充侦查，或者自行进行两次补充侦查。这一限制确保了案件在合理的时间内得到处理，避免了无限期的拖延。

二、补充侦查的时限

每次补充侦查都应在一个月以内完成。这是为了确保诉讼效率，防止案件久拖不决。公安机关或检察院在接到补充侦查的通知后，需在规定时间内完成侦查工作，并重新将案件移送至检察院进行审查起诉。

三、审查起诉期限的重新计算

补充侦查完毕后，案件会被再次移送至人民检察院。此时，人民检察院会重新计算审查起诉的期限，以确保案件得到充分的审查和评估。这一规定有助于保障案件的公正处理，防止因时间紧迫而导致的疏漏或错误。

四、不起诉决定的作出

如果经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，那么应当依法作出不起诉的决定。这一规定旨在保护犯罪嫌疑人的合法权益，避免无辜者被错误起诉。同时，它也督促侦查机关提高侦查效率和质量，确保案件能够得到及时、公正的处理。

五、实际操作中的注意事项

在实际操作中，检察院和公安机关应严格遵守相关规定，确保诉讼程序的合法性和正当性。对于需要补充侦查的案件，应明确侦查方向和目标，提高侦查效率和质量。同时，检察院在审查案件时，应全面、客观地评估证据情况，确保不起诉决定的作出符合法律规定和案件事实。

总结与建议：

刑事案件中，检察院将案件退回公安机关进行补充侦查的次数受到法律的严格限制，最多为两次。这一规定旨在保障案件的公正、高效处理，同时维护犯罪嫌疑人的合法权益。如果您或您身边的人遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。