赃款由第三人代持的，司法机关会依法追缴，第三人需配合调查并根据实际情况承担相应法律责任。具体处理方式需结合第三人是否知情、是否支付合理对价等因素综合判断，以下分情况说明：

1. 第三人明知是赃款仍代持的
   若第三人明知款项为犯罪所得（如赃款、赃物）仍协助转移、藏匿或代持，可能构成《刑法》第三百一十二条规定的掩饰、隐瞒犯罪所得罪。司法机关将依法追缴赃款，并对第三人处三年以下有期徒刑、拘役或罚金；情节严重的（如数额巨大、多次掩饰等），可处三年以上七年以下有期徒刑。

2. 第三人不知情且无过失的
   若第三人代持时对款项性质不知情（如被欺骗、误导），且无合理理由应知款项来源非法，一般不承担刑事责任。但司法机关仍会依法追缴赃款，第三人需配合返还。若第三人已支付合理对价（如通过合法交易取得），可能通过民事程序主张权益，但需以赃款被追缴为前提。

3. 第三人支付合理对价但未尽审查义务的
   若第三人以明显低于市场价的价格取得款项，或未对款项来源进行基本审查（如要求提供合法证明），可能被认定为“应当知道”款项非法，仍需承担返还责任，甚至可能因疏忽大意被追究行政或刑事责任。

实务建议：

• 若您作为第三人代持他人款项，务必核实资金来源合法性，保留交易凭证（如合同、转账记录等），避免卷入法律风险。
  
• 若发现款项可能涉及违法犯罪，应立即向公安机关报案并配合调查，主动上缴款项以争取从轻处理。
  
• 若您是赃款受害者，可向司法机关申请追缴，并提供证据证明款项归属（如交易记录、证人证言等）。
  

如有具体案件细节或疑问，可进一步向我说明，我将结合事实为您分析法律风险及应对方案。