结论：药店注册公司时，药师是否可以兼职需分情况讨论，主要取决于药师注册类型、当地政策及兼职单位的具体要求。

1. 根据药师注册类型判断
   根据《执业药师注册管理暂行办法》，药师注册分为“工作单位注册”和“多点执业注册”两类：

   • 若药师仅在一家药店注册为“工作单位注册”，则通常需全职在岗，不得在其他单位兼职（除非当地政策明确允许“多点执业”且药师已办理相关手续）。
     
   • 若药师申请“多点执业注册”（即同时在多家单位注册），则可依法在注册单位兼职，但需满足以下条件：
     
     • 取得原注册单位（主执业单位）的同意；
       
     • 兼职单位与主执业单位无利益冲突（如非同一连锁药店的分支机构）；
       
     • 符合当地药品监管部门对多点执业的具体要求（如执业范围、时间分配等）。
       

2. 根据当地政策差异判断
   部分地区对药师兼职有额外限制，例如：

   • 某些省份要求药师在主执业单位的在岗时间不得低于一定比例（如每周至少3天），否则可能影响注册有效性；
     
   • 少数地区可能禁止药师在竞争关系单位（如同一商圈内的多家药店）兼职，以避免利益冲突。
     建议：需查询药店所在地省级药品监管部门发布的最新政策，或直接咨询当地市场监督管理局（药监部门）确认。
     

3. 根据兼职单位性质判断

   • 若药师兼职单位为医疗机构（如医院、诊所），需同时符合《医疗机构药事管理规定》中关于药师执业的要求，例如需取得医疗机构颁发的药师聘书，且兼职时间不得影响主执业单位的工作。
     
   • 若兼职单位为药品生产企业或批发企业，需确认是否涉及质量管理人员兼职（部分地区禁止质量负责人、质量受权人等关键岗位兼职）。
     

温馨提示：

• 药师兼职前，务必与主执业单位签订书面协议，明确兼职时间、责任划分及违约责任，避免因兼职引发劳动纠纷。
  
• 若兼职单位要求药师提供“唯一执业证明”或类似文件，需谨慎核实其合法性，防止因违规兼职导致注册资格被吊销。
  

如有进一步疑问（如具体地区政策、兼职协议审查等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。