在职务侵占案件中，当嫌疑人的银行流水存在有进有出的情况时，认定涉案金额需要综合考虑多个因素，以下是详细分析：
明确职务侵占的基本构成：职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。认定涉案金额，关键在于确定哪些资金属于“本单位财物”且被嫌疑人非法占为己有。
分析银行流水的性质：
- 收入部分：需要仔细甄别每一笔收入是否属于嫌疑人的合法收入，如工资、奖金、报销等，还是通过职务侵占手段获得的非法收入。非法收入部分应计入涉案金额。
- 支出部分：支出并不直接减少涉案金额，但需要分析支出的性质。如果支出是用于掩盖职务侵占行为，如伪造账目、支付回扣等，那么这些支出可能间接证明职务侵占的存在，但并不直接从涉案金额中扣除。如果支出是嫌疑人将侵占的资金用于个人消费或投资，这些支出同样不减少涉案金额，但可能作为犯罪情节在量刑时予以考虑。
考虑资金流向的关联性：
- 如果嫌疑人的银行流水显示，某笔收入与后续的支出存在直接关联，且这种关联能够证明嫌疑人通过职务侵占获得了资金，并进行了非法处置，那么这笔收入应全额计入涉案金额。
- 如果流水显示的是多笔收入和支出交织在一起，难以直接区分哪部分是非法所得，那么需要结合其他证据，如账目记录、证人证言等，来综合判断涉案金额。
排除合法交易：
- 在认定涉案金额时，必须排除嫌疑人的合法交易部分。这要求详细审查银行流水中的每一笔交易，确保只有非法所得被计入涉案金额。
利用专业鉴定或审计：
- 在复杂情况下，可以委托专业机构进行财务鉴定或审计，以更准确地确定涉案金额。这些机构能够运用专业的会计知识和技术手段，对银行流水进行细致分析，提供客观、准确的鉴定意见。
总结来说，在职务侵占案件中，当嫌疑人的银行流水有进有出时，认定涉案金额需要综合考虑收入的性质、支出的目的、资金流向的关联性以及合法交易的排除等因素。如果遇到复杂情况，建议寻求专业财务鉴定或审计机构的帮助，以确保涉案金额的准确认定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。