分居两年起诉离婚时，财产分配的核心原则是“先区分财产性质，再根据具体情况分配”，具体分配方式需结合财产来源、分居期间贡献、双方过错等因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 夫妻共同财产的分配原则

根据《民法典》第1062条，夫妻共同财产包括婚姻关系存续期间所得的工资、投资收益、继承或受赠财产（除非明确只归一方）等。分居期间取得的财产，若未办理离婚登记，原则上仍属于共同财产，分配时需遵循以下规则：

• 均等分配为主：若无特殊情况（如一方隐藏、转移财产），法院通常按“一人一半”原则分割。
• 照顾子女、女方和无过错方：若一方抚养子女、经济困难，或另一方存在重婚、家暴等过错，法院可能酌情多分财产给弱势方。
• 分居期间贡献考量：若一方在分居期间独自承担家庭开支（如房贷、子女教育费），可能主张多分部分财产作为补偿。

2. 个人财产的归属

根据《民法典》第1063条，以下财产属于个人财产，离婚时不参与分配：

• 婚前财产：如婚前购买的房产、车辆，且登记在个人名下。
• 遗嘱或赠与合同中明确只归一方的财产：例如父母明确赠与自己子女的房产。
• 一方因人身损害获得的赔偿：如工伤赔偿、交通事故赔偿等。
• 专用生活用品：如个人衣物、首饰等。

分居期间需注意：若一方将个人财产用于共同生活（如用婚前存款支付家庭开支），可能被认定为对共同财产的贡献，离婚时可能要求补偿。

3. 分居期间的特殊情形处理

• 财产混同：若分居期间双方仍有经济往来（如共同还贷、互相转账），需梳理资金流向，区分共同财产与个人财产。
• 隐藏/转移财产：若一方在分居期间私自变卖、转移财产，法院可少分或不分给该方（《民法典》第1092条）。
• 协议优先：若双方在分居期间签订了财产分割协议，且内容合法，法院通常尊重协议约定。

4. 实务建议

• 收集证据：保留分居期间的财产证明（如银行流水、房产证、购车合同）、对方过错证据（如出轨聊天记录、家暴报警记录）。
• 协商优先：若能达成一致，可签订离婚协议并办理公证，避免诉讼耗时耗力。
• 及时起诉：分居满两年仅是法定离婚理由之一，若想尽快离婚，需同时证明“感情确已破裂”（如分居期间无联系、经济独立等）。

总结：分居两年起诉离婚时，财产分配需先明确财产性质，再结合双方贡献、过错等因素综合判断。若涉及复杂财产（如公司股权、海外资产），建议提前咨询律师制定策略。如有具体问题，可直接向我提供细节，我会进一步分析解答。