您好，关于您提出的“重复起诉怎么办”的问题，这是一个涉及民事诉讼程序的重要法律问题。下面我将从重复起诉的认定、处理原则以及相关法律规定等方面，为您详细解答。

一、重复起诉的认定

重复起诉，通常指的是前案已经提起了诉讼，或者说前案已经做出了生效判决，相同的当事人又对相同的事实再次提起诉讼的情况。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百四十七条的规定，构成重复起诉需要同时满足以下三个条件：

1. 当事人相同：后诉与前诉的当事人相同，即使当事人名称或诉讼地位略有变化，若争议主体未变，仍可能认定为当事人相同。
2. 诉讼标的相同：后诉与前诉基于同一事实、同一法律关系，或后诉的权利义务属于前诉的先决问题，则诉讼标的相同。
3. 诉讼请求相同或实质否定前诉裁判结果：后诉的诉讼请求与前诉完全一致，或者后诉的诉讼请求实质上否定前诉的裁判结果。

二、重复起诉的处理原则

1. 裁定不予受理或驳回起诉：如果法院认定构成重复起诉，且没有法律、司法解释另有规定的情况，法院将裁定不予受理；如果案件已经受理，法院将裁定驳回起诉。
2. 维护法律权威和司法公信力：禁止重复起诉是民事诉讼程序安定与司法权威的基石性制度，它承载着防止矛盾裁判、节约司法资源、减轻当事人诉累等多重制度功能。
3. 保障纠纷一次性解决：通过禁止重复起诉，法院能够确保纠纷得到一次性、实质性的解决，避免诉讼程序的空转和当事人诉累的增加。

三、特殊情况的处理

1. 新事实的出现：如果裁判发生法律效力后，发生了新的事实，当事人再次提起诉讼的，人民法院应当依法受理。这里的新事实需要满足时间要件（存在于前诉庭审结束后的节点）、实质要件（独立于前诉争议，能够引发新的权利义务关系的变动）和程序要件（当事人无法通过再审程序解决该事实引发的问题）。
2. 当事人权利的救济：如果当事人认为前诉的裁判结果存在错误，且无法通过新事实再次起诉来救济，那么当事人可以通过申请再审等法定程序来维护自己的合法权益。

四、实际案例参考

以您提供的案例为例，甲公司在前诉中未对质保金问题提出异议，且前诉判决已生效。在二审法院作出按撤回上诉处理裁定之前，甲公司又就同一款项另行起诉乙公司，请求乙公司承担部分质保金。法院经审理认为，甲公司的后诉构成重复起诉，因为后诉案件当事人与前诉案件当事人虽诉讼地位互换，但当事人身份一致；甲公司在后诉中诉请的质保金包含在前诉生效判决确定的履行义务中；后诉的诉讼请求实质上系否定前诉判决结果。因此，法院裁定驳回了甲公司的起诉。

五、建议

1. 在提起诉讼前仔细审查：在提起诉讼前，请仔细审查是否已经存在相同或类似的诉讼，以避免构成重复起诉。
2. 积极行使诉讼权利：如果认为前诉的裁判结果存在错误，请及时通过法定程序（如申请再审）来维护自己的合法权益。
3. 遵循诚信原则：在民事诉讼活动中，请遵循诚信原则，秉持诚实、恪守承诺，避免滥用诉讼权利。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时告诉我。