股份经济合作合作社营业执照更换为村集体经济组织的主要法律依据是《中华人民共和国民法典》以及农业农村部等相关部门发布的规范性文件，具体分析如下：

1. 《中华人民共和国民法典》的适用
   根据《民法典》第九十六条、第九十九条，农村集体经济组织被明确为特别法人，具有独立的民事主体资格。若原股份经济合作合作社的法人类型或组织形式不符合现行法律对集体经济组织的要求（例如未完成特别法人登记），需依据《民法典》调整组织形式并更换营业执照，以符合特别法人的法律地位。

2. 农业农村部规范性文件的直接规定
   农业农村部发布的《农村集体经济组织示范章程（试行）》及地方实施细则中，明确要求农村集体经济组织需按法定程序完成登记或变更登记，并换发统一社会信用代码的营业执照。例如，若原合作社未纳入集体资产清产核资范围，或未完成成员身份确认，需按新规重组为村集体经济组织并换证。

3. 地方性法规的配套要求
   部分省份（如浙江、广东）已出台《农村集体经济组织管理办法》，规定原股份合作制企业需在规定期限内转型为村集体经济组织，并凭转型证明到市场监管部门更换营业执照。此类地方性法规是操作层面的直接依据。

操作建议：

• 步骤一：核查原合作社是否已完成集体资产量化、成员身份确认等前置程序；
  
• 步骤二：向当地农业农村部门申请出具《农村集体经济组织登记证书》；
  
• 步骤三：持登记证书及原营业执照到市场监管部门办理变更登记。
  

若涉及具体操作细节或地方政策差异，可进一步向我说明所在省份及合作社现状，我将结合当地规定提供针对性指导。