若商家持有电子烟营业执照但销售果味烟弹，可能面临行政处罚，情节严重的可能涉及刑事处罚，具体处罚需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

1. 行政处罚角度
   根据《电子烟管理办法》及《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》规定，禁止销售除烟草口味外的调味电子烟和可自行添加雾化物的电子烟。果味烟弹属于调味电子烟范畴，若商家违规销售，烟草专卖行政主管部门可依据《烟草专卖法实施条例》第五十七条，责令停止经营业务，没收违法所得，并处以违法经营总额20%以上50%以下的罚款。
   若商家同时存在未在当地电子烟批发企业进货、未通过电子烟交易管理平台交易等行为，还可能因违反《电子烟管理办法》第二十五条、第二十八条，被责令限期改正，情节严重的暂停经营资质或吊销许可证。

2. 刑事处罚角度（极端情况）
   若商家销售果味烟弹的金额达到一定标准（如个人非法经营数额5万元以上，或违法所得2万元以上），可能涉嫌《刑法》第二百二十五条规定的非法经营罪。司法实践中，需结合销售数量、持续时间、主观明知程度等综合判断是否构成犯罪。例如，若商家明知果味烟弹被禁止销售仍大量囤货并跨区域销售，可能被认定为“情节严重”，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

3. 其他法律风险

• 消费者权益保护：若果味烟弹存在质量问题导致消费者健康受损，商家可能因违反《消费者权益保护法》承担民事赔偿责任（如医疗费、赔偿金等）。
  
• 广告合规风险：若商家在宣传中强调“果味”“甜味”等诱导性内容，可能违反《广告法》关于禁止虚假宣传和诱导消费的规定，面临市场监管部门的处罚。

建议：若您已持有电子烟营业执照，应立即停止销售果味烟弹，清理库存并调整经营方向（如专注烟草口味电子烟或合规配件）。若已因销售果味烟弹被调查，建议配合行政机关调查，同时整理进货凭证、销售记录等证据，以证明主观无故意或违法情节轻微，争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。