结论：国营农场在办理土地确权时，将村集体土地以及基本农田划入其权属，这一行为是否合法，需根据具体情况判断，但通常情况下，这种做法是不合法的。
分析：
土地权属的法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地权属的确定应遵循历史沿革、现实使用情况和法律规定。村集体土地和基本农田的权属通常归属于村集体或国家（在基本农田的情况下，其使用权可能归属于农民集体或农户，但所有权仍归国家或集体所有，具体取决于土地性质和历史沿革）。
- 国营农场作为土地使用者，其土地权属应基于合法的土地使用合同或政府划拨文件。若国营农场试图将不属于其权属范围内的土地，如村集体土地或基本农田，划入其名下，这通常缺乏法律依据。
基本农田的特殊保护：
- 基本农田是保障国家粮食安全和农业可持续发展的重要资源，受到法律的严格保护。根据《基本农田保护条例》，任何单位和个人不得擅自改变基本农田的用途或侵占基本农田。
- 若国营农场将基本农田划入其权属，这可能涉及改变基本农田的用途或侵占行为，从而违反相关法律法规。
土地确权的程序要求：
- 土地确权是一个严谨的法律程序，涉及土地权属的调查、核实、公示和确认等环节。在确权过程中，应确保所有相关方的权益得到充分保障，避免任何一方的不当得利。
- 若国营农场在办理土地确权时，未遵循法定程序或未充分考虑村集体和农户的权益，其确权行为可能被视为无效或存在法律瑕疵。
建议：
- 对于村集体和农户：若发现国营农场在办理土地确权时存在不当行为，如将村集体土地或基本农田划入其权属，应及时向当地土地管理部门或政府相关部门反映情况，并寻求法律援助以维护自身权益。
- 对于国营农场：应严格遵守相关法律法规和土地确权程序，确保土地权属的合法性和准确性。若存在争议或疑问，应及时与相关部门沟通并寻求法律意见，以避免潜在的法律风险。
后续行动：
- 若问题复杂或涉及多方利益，建议通过法律途径解决争议，如提起行政诉讼或民事诉讼等。
- 在处理此类问题时，应充分收集证据，包括土地使用合同、政府划拨文件、土地权属证书等，以支持自己的主张。
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