合同有多个主体时，并非每个主体都需要单独归档，而是应根据合同的具体情况、管理需求以及法律规定来综合判断归档的方式和必要性。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同归档的基本原则：

   • 合同归档的主要目的是为了保存合同文本及其相关文件，以便在需要时能够迅速、准确地查阅和引用。因此，归档的核心在于确保合同的完整性和可追溯性。
   • 当合同涉及多个主体时，归档应关注合同的整体性和各主体之间的权利义务关系，而非简单地针对每个主体单独归档。

2. 归档方式的选择：

   • 整体归档：如果合同文本及其相关文件能够完整地反映所有主体之间的权利义务关系，且没有特别的保密或管理需求，那么可以将整个合同作为一个整体进行归档。这种方式便于管理和查阅，能够确保合同的完整性和一致性。
   • 分主体归档：在某些特殊情况下，如合同涉及多个独立且相互关联的主体，且每个主体都有独立的权利义务和保密需求时，可以考虑按照主体进行分归档。但这种方式需要谨慎使用，以避免造成合同文本的割裂和查阅的不便。

3. 法律规定的考量：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。因此，归档应确保合同的合法性和有效性，能够作为法律证据使用。
   • 在归档过程中，应关注合同文本的完整性、签署的真实性以及附件的齐全性等方面，以确保归档的合同符合法律要求。

4. 实际操作的建议：

   • 在归档前，应对合同文本及其相关文件进行仔细审查，确保所有主体的信息都已准确无误地记录在合同中。
   • 根据合同的具体情况和管理需求，选择合适的归档方式。如果合同涉及多个主体但整体性强，建议采用整体归档；如果合同涉及多个独立主体且有特殊保密需求，可以考虑分主体归档但应确保查阅的便利性。
   • 在归档过程中，应建立完善的档案管理制度，包括档案的分类、编号、存储、查阅和销毁等方面，以确保档案的安全性和可追溯性。

总结来说，合同有多个主体时，归档方式的选择应根据合同的具体情况、管理需求以及法律规定来综合判断。在大多数情况下，整体归档是更为合适的选择，因为它能够确保合同的完整性和一致性，便于管理和查阅。如有特殊需求或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。