合同更换甲方单位，本质上属于合同主体的变更，需要双方协商一致并签订书面变更协议，以确保变更的合法性和有效性。以下是具体操作步骤和注意事项：

1. 协商一致：首先，原甲方、新甲方和乙方需要就合同主体的变更进行充分协商，并达成一致意见。这是合同变更的前提和基础，任何一方未经协商一致不得擅自变更合同主体。

2. 签订书面变更协议：在协商一致的基础上，三方应签订书面的合同变更协议。该协议应明确以下内容：

   • 原合同信息：包括原合同的名称、编号、签订日期、主要条款等，以便明确变更的对象和范围。
   • 变更内容：明确指出将原甲方变更为新甲方，并详细描述变更后的权利义务关系。如果变更涉及合同其他条款的调整，也应在协议中一并明确。
   • 生效条件：约定变更协议的生效条件，如签字盖章后生效、特定日期生效等。
   • 违约责任：明确任何一方违反变更协议应承担的责任，以保障各方的合法权益。

3. 办理相关手续：根据合同性质和行业规定，可能需要办理相关的审批、备案或登记手续。例如，如果合同涉及政府采购、工程建设等领域，可能需要向相关部门提交变更申请并获得批准。

4. 通知相关方：如果合同变更可能影响到其他相关方的利益，如担保人、保险公司等，应及时通知他们并办理相应的变更手续。

示例变更协议条款：

“鉴于：

1. 甲乙双方于[原合同签订日期]签订了《[原合同名称]》（以下简称“原合同”），合同编号为[原合同编号]。

2. 现因[变更原因]，经三方协商一致，同意将原合同中的甲方由[原甲方名称]变更为[新甲方名称]。

据此，三方达成如下变更协议：

一、原合同中的甲方[原甲方名称]变更为[新甲方名称]，自本协议生效之日起，[新甲方名称]成为原合同的甲方，享有和承担原合同中甲方的所有权利和义务。

二、除本协议第一条约定的变更外，原合同的其他条款保持不变，继续对三方具有约束力。

三、本协议自三方签字盖章之日起生效。

四、本协议一式三份，三方各执一份，具有同等法律效力。”

在签订变更协议时，请务必确保所有条款都清晰明确，避免出现模糊或歧义的内容。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。