不具有民事主体资格签订的协议，其效力需分情况讨论：
协议因主体不适格而无效的情况
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体包括自然人、法人和非法人组织。若签订协议的一方或双方不具有民事主体资格，如未依法登记的非法人组织或未取得法人资格的社会团体等，其签订的协议可能因主体不适格而被认定为无效。
- 具体情形：例如，一个未依法注册的公司分支机构以自己的名义签订合同，由于该分支机构不具有独立的民事主体资格，其签订的合同可能因主体不适格而无效。
协议可能因其他因素而有效的情况
- 追认或事后取得资格：如果协议签订后，不具有民事主体资格的一方通过某种方式（如依法登记）取得了民事主体资格，或者其上级单位或法定代表人对协议进行了追认，那么该协议可能因此而具有法律效力。
- 表见代理或表见代表：在某些情况下，即使签订协议的一方不具有民事主体资格，但如果其行为构成了表见代理或表见代表，即相对方有理由相信其具有代理权或代表权，那么该协议也可能被认定为有效。这通常涉及到相对方的善意和无过失。
- 合同内容合法且不损害公共利益：即使签订协议的一方不具有民事主体资格，但如果合同内容合法，且不损害国家、集体或第三人的利益，那么在某些司法实践中，法院可能会根据具体情况判断合同的效力，而不是简单地因主体不适格而宣告合同无效。
特殊情况下的协议效力
- 限制民事行为能力人签订的协议：对于限制民事行为能力人（如未成年人或精神病人）签订的协议，其效力取决于协议的内容和性质。如果协议与其年龄、智力或精神健康状况相适应，或者经过其法定代理人的同意或追认，那么该协议可能具有法律效力。
- 无权代理签订的协议：如果一方以另一方的名义签订协议，但未经另一方授权或超越授权范围，那么该协议属于无权代理。无权代理签订的协议在未经被代理人追认前，对被代理人不发生效力，但由行为人承担责任。然而，如果相对方有理由相信行为人有代理权，那么该协议可能构成表见代理，从而具有法律效力。
法律建议：
- 在签订协议前，务必确认对方是否具有民事主体资格，以避免因主体不适格而导致的协议无效风险。
- 如果发现对方可能不具有民事主体资格，可以要求对方提供相关的证明文件或进行进一步的核实。
- 在协议签订过程中，可以明确约定协议的效力条件、违约责任等条款，以降低因主体不适格而引发的法律风险。
- 如果遇到因主体不适格而导致的协议纠纷，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的解决方案。
可能后果：
- 如果协议因主体不适格而被认定为无效，那么双方可能无法依据协议主张权利或履行义务，从而可能导致经济损失或法律纠纷。
- 在某些情况下，即使协议被认定为无效，但双方可能仍需根据过错程度承担相应的民事责任。