农村土地使用手续的主体需根据土地性质及具体管理要求确定，可能为村民委员会或村股份经济合作社，也可能涉及两者共同参与。具体分析如下：

1. 村民委员会作为主体的情形
   根据《村民委员会组织法》第八条，村民委员会依法管理本村属于村农民集体所有的土地和其他财产。在以下场景中，村民委员会通常作为土地使用手续的主体：

   • 集体土地所有权登记：以村集体名义申请土地所有权确权登记时，村民委员会作为法定代表机构签署申请文件；
     
   • 土地承包经营权流转：村民委员会受村集体委托，组织土地承包经营权流转并办理备案手续；
     
   • 宅基地分配管理：村民委员会依据《土地管理法》第六十二条，对符合条件的村民分配宅基地并办理审批手续。
     

2. 村股份经济合作社作为主体的情形
   若村集体已完成股份合作制改革并成立村股份经济合作社，其可能依据章程或地方性法规成为土地使用手续主体：

   • 经营性资产运营：村股份经济合作社作为市场主体，对集体经营性建设用地使用权出让、出租等事项办理手续；
     
   • 土地入股合作：以集体土地作价入股企业时，村股份经济合作社作为股东签署合作协议并办理工商登记；
     
   • 地方性法规授权：如《浙江省村经济合作社组织条例》明确村经济合作社为集体资产经营管理主体，其可独立办理土地使用相关手续。
     

3. 两者共同参与的情形
   在土地征收、集体建设用地入市等复杂事项中，可能需村民委员会与村股份经济合作社协同办理：

   • 土地征收程序：村民委员会负责组织村民会议表决征收事项，村股份经济合作社作为集体资产管理者参与补偿协议签订；
     
   • 集体建设用地入市：村民委员会依据《土地管理法》第六十三条组织入市方案表决，村股份经济合作社作为实施主体办理入市交易手续。
     

实务建议：

• 办理土地使用手续前，应先通过查询村集体章程、地方性法规或咨询当地农业农村部门，明确手续主体；
  
• 若涉及重大利益调整（如土地征收补偿分配），建议要求手续主体出具书面授权文件，避免程序瑕疵；
  
• 手续办理过程中注意保留村民会议记录、公示照片等证据，确保程序合法性。
  

如需进一步分析具体案例中的手续主体问题，可直接向我提供土地性质、改革情况等关键信息。