当员工对公司有投诉时，公司应当采取一系列合理、公正且合法的步骤来处理这些投诉，以确保员工的权益得到保障，同时维护公司的正常运营秩序。以下是一个详细的处理流程和建议：

一、接收投诉

1. 设立投诉渠道：公司应设立多种投诉渠道，如内部邮箱、投诉热线、在线投诉平台等，以便员工能够方便地提交投诉。
2. 明确投诉内容：要求员工在投诉时尽可能详细地描述投诉的事实、时间、地点、涉及人员以及期望的解决方案等信息，以便公司能够准确理解投诉内容。

二、初步审查

1. 确认投诉人身份：核实投诉人的身份信息，确保投诉来自公司员工。
2. 评估投诉合理性：初步审查投诉内容，判断其是否属于公司应受理的范围，以及是否有足够的证据支持投诉。

三、正式受理与调查

1. 正式受理：如果投诉内容合理且属于公司受理范围，公司应正式受理投诉，并告知投诉人受理情况。
2. 展开调查：成立专门的调查小组，对投诉内容进行深入调查。调查过程中应保持客观公正，收集相关证据，听取双方意见。
3. 保护投诉人隐私：在调查过程中，应严格保护投诉人的隐私，避免投诉信息泄露给无关人员。

四、处理与反馈

1. 根据调查结果处理：根据调查结果，公司应依法依规对投诉进行处理。如果投诉属实，公司应采取措施纠正问题，如调整管理措施、处罚违规人员等。
2. 反馈处理结果：将处理结果及时反馈给投诉人，并告知其如有异议可进一步申诉的途径。
3. 记录与归档：将投诉处理过程及结果记录在案，并归档保存，以备后续查阅和参考。

五、后续跟进与改进

1. 跟进处理效果：对处理结果进行跟进，确保问题得到彻底解决，并防止类似问题再次发生。
2. 完善管理制度：根据投诉处理过程中发现的问题，及时完善公司的管理制度和流程，提高管理水平和效率。

六、特别提醒

1. 公司对员工正当申诉具有容忍义务：如上海市第一中级人民法院的案例所示，公司对员工的正当申诉应予以认真对待，不能随意以员工违反劳动纪律、不服从公司管理等为由对员工进行处罚。
2. 员工申诉需注意言辞恰当性：员工在进行申诉时，也应注意言辞的恰当性和申诉渠道的正当性，避免恶意攻击、散布谣言等不当行为。

综上所述，公司应建立完善的投诉处理机制，确保员工的投诉能够得到及时、公正、合法的处理。同时，公司也应加强对员工的教育和引导，提高员工的法律意识和维权意识，共同构建和谐、稳定的劳动关系。