结论：针对您经拍卖取得土地经营权后，因部分欠费被甲方中途收回，是否应赔偿设施等费用的问题，这主要取决于合同约定、法律规定以及实际欠费情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果您与甲方签订的合同中明确规定了，在因欠费等原因导致合同解除或土地被收回时，甲方应赔偿您因建设设施等产生的费用，那么您有权依据合同约定要求甲方进行赔偿。
- 反之，如果合同中明确约定了因欠费等原因导致合同解除或土地被收回时，您不得要求甲方赔偿设施等费用，那么您可能无法获得赔偿。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定上述内容，那么您需要依据法律规定和实际情况来主张自己的权益。
二、法律规定角度
《民法典》相关规定：
- 根据《民法典》的相关规定，合同解除后，尚未履行的，终止履行；已经履行的，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
- 在您的情况下，如果因欠费导致合同解除，且您已经为土地建设了设施，那么您有权要求甲方赔偿因此产生的合理损失，但前提是这些损失是由于甲方的违约行为（即中途收回土地）导致的。
欠费与合同解除的关系：
- 如果欠费是合同约定的解除条件之一，且甲方在解除合同前已经给予了您合理的催告期，而您仍未履行缴费义务，那么甲方有权解除合同并收回土地。但在此情况下，甲方是否应赔偿您的设施费用，仍需依据合同约定和法律规定来判断。
- 如果欠费并非合同约定的解除条件，或者甲方未给予您合理的催告期就擅自解除合同并收回土地，那么甲方的行为可能构成违约，您有权要求甲方赔偿因此产生的损失，包括设施费用。
三、实际欠费情况角度
欠费金额与合同总金额的比例：
- 如果欠费金额占合同总金额的比例较小，且您已经履行了大部分合同义务，那么甲方中途收回土地并拒绝赔偿设施费用的行为可能显得不合理。在此情况下，您可以与甲方协商解决，或者通过法律途径主张自己的权益。
欠费原因与责任归属：
- 如果欠费是由于甲方的原因（如未提供必要的服务或支持）导致的，那么您有权要求甲方承担相应的责任，并可能因此获得设施费用的赔偿。
- 如果欠费是由于您自身的原因导致的，且甲方已经按照合同约定履行了相关义务，那么您可能难以获得设施费用的赔偿。
建议：
- 仔细审查合同：首先，您需要仔细审查与甲方签订的合同，了解其中关于欠费、合同解除以及赔偿等方面的约定。
- 与甲方协商：如果合同中有争议或不明确的地方，您可以尝试与甲方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律帮助：如果协商无果，或者您认为自己的权益受到了侵害，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
在处理此类问题时，请务必保留好相关证据（如合同、缴费凭证、设施建设记录等），以便在需要时证明自己的权益。