在撤销董事会决议期间，若公司已经进行了工商变更，处理方式需根据具体情况来定，但核心原则是确保公司行为的合法性和股东权益的保护。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

一、法律背景与原则

1. 董事会决议的效力：董事会决议是公司内部管理的重要文件，其效力直接关系到公司行为的合法性。若董事会决议存在瑕疵（如程序违法、内容违法或违反公司章程等），股东有权依法请求撤销。

2. 工商变更的效力：工商变更是公司外部行为的重要体现，一旦完成，即具有对外公示的效力。然而，若工商变更的基础（如董事会决议）被撤销，则工商变更的效力可能受到影响。

二、具体处理方式

1. 立即停止相关行为：

   • 若在撤销董事会决议的诉讼过程中，发现公司已经基于该决议进行了工商变更，公司应立即停止基于该决议的所有相关行为，包括但不限于对外签订合同、处置资产等，以防止损失扩大。

2. 申请撤销工商变更：

   • 法律依据：根据《公司法》及相关规定，若董事会决议被撤销，基于该决议的工商变更可能因缺乏合法基础而面临被撤销的风险。
   • 操作流程：公司应尽快向工商行政管理部门申请撤销或更正工商变更登记，提交相关证据材料，如撤销董事会决议的判决书、公司章程等，以证明工商变更的非法性或不当性。

3. 内部治理与责任追究：

   • 内部治理：公司应加强内部治理，完善董事会决议的制定和审批程序，确保决议的合法性和有效性。同时，加强对工商变更等外部行为的监管，防止类似情况再次发生。
   • 责任追究：若董事会决议的瑕疵是由于相关人员的故意或过失造成的，公司应依法追究其责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚等。

三、可能面临的法律后果

1. 工商变更被撤销：若公司成功申请撤销工商变更，则工商变更自始无效，公司需恢复至变更前的状态。这可能涉及公司资产的返还、合同的解除或重新签订等复杂问题。

2. 承担法律责任：若公司未及时申请撤销工商变更或继续基于被撤销的董事会决议行事，可能面临法律责任，包括但不限于对第三方的赔偿责任、行政处罚等。

四、建议与措施

1. 及时咨询专业律师：在处理此类复杂问题时，公司应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和操作流程，确保公司行为的合法性和有效性。
2. 加强内部沟通与协作：公司应加强内部各部门之间的沟通与协作，确保信息畅通，及时发现并解决问题。
3. 完善公司治理结构：公司应完善治理结构，建立健全的决策机制和监督机制，防止类似情况再次发生。

总之，在撤销董事会决议期间，若公司已经进行了工商变更，应立即停止相关行为、申请撤销工商变更、加强内部治理与责任追究，并咨询专业律师以确保公司行为的合法性和股东权益的保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。