赔偿协议双方按手印签字后是生效的，但前提是协议内容合法、明确，且双方当事人都具备完全民事行为能力。以下是对此结论的详细解释和相关法律知识的阐述：
签字、盖章、按手印的法律效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着签字、盖章、按手印都是确认协议内容的有效方式，具有同等的法律效力。因此，在赔偿协议中，只要当事人真实意思地进行了签字或按手印，该协议即成立并生效。
协议有效的条件：
- 内容合法：协议内容必须合法，不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。
- 当事人具备完全民事行为能力：双方当事人必须具备完全民事行为能力，即能够完全理解并承担协议所约定的权利和义务。
- 自愿、平等、协商一致：协议应当是双方自愿、平等、协商一致的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
实际履行与争议解决：
- 如果协议签订后一方反悔或不承认协议内容，另一方可以通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，法院会依据协议的具体条款、双方的实际履约情况以及相关的法律法规来做出公正合理的判决。
建议与注意事项：
- 在签署赔偿协议时，建议双方当事人都应当仔细阅读协议内容，确保对协议条款有充分的理解和认同。
- 协议内容应当详实精准，包含赔偿事件的阐述、赔偿金具体数额的规定、支付方式以及支付时期等主要要素。
- 双方应对协议履行过程中可能出现的风险和后果有充分的认知，并自愿承担相应的责任。
- 为了增强协议的可信度和证明力，可以考虑对签署流程进行录音或录像，或者邀请无关利益的第三方作为见证人。
综上所述，赔偿协议双方按手印签字后是生效的，但前提是满足上述条件。在签署和履行协议过程中，双方应遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。