在起诉离婚的案件中，确实有可能申请查询对方的银行流水，但这一行为需要满足一定的法定条件和程序。以下是对此问题的详细解答：

一、查询对方银行流水的法律依据与条件

在离婚诉讼中，如果一方怀疑对方存在转移、隐匿夫妻共同财产等行为，为了查明事实真相并公平分割财产，有权向法院申请查询对方的银行流水。这一申请通常需要满足以下条件：

1. 合理怀疑：申请人需要有合理的怀疑依据，比如发现对方有大额资金异常转出且无法说明合理用途，或者存在其他隐匿财产的嫌疑。
2. 必要性说明：申请人需向法院提交书面申请，详细说明查询银行流水的目的、必要性和相关线索，如开户银行、大致时间段等。

二、查询对方银行流水的流程

1. 提交申请：当事人或其诉讼代理人将书面申请提交至受理案件的法院。
2. 法院审查：法院会对申请进行严格审查，考虑是否属于离婚案件的必要证据、是否侵犯对方合法权益等因素。
3. 调查取证：若法院认为申请合理且与案件紧密相关，会依法向相关银行发出调查令，要求提供指定时间段的银行流水记录。

三、查询对方银行流水的限制与注意事项

1. 时间范围限制：法院通常只会审查一定时间段内的银行流水，如近一年内的记录，以判断是否存在转移财产的行为。
2. 保密性原则：法院在调取和审查银行流水时，会严格遵守法定的程序和规定，确保查询的合法性和信息的保密性。
3. 综合证据链：银行流水作为单一证据可能不足以充分证明当事人的主张，应结合其他证据（如聊天记录、转账凭证等）共同形成完整的证据链。
4. 尊重隐私权：当事人在申请查询银行流水时，应尊重对方的隐私权，不得滥用查询权利，以免构成对他人合法权益的不当侵犯。

四、实际案例中的查询情况

在实际离婚案件中，法院是否会查询双方的银行流水，取决于案件的具体情况和法院的判断。如果涉及大额财产争议、一方有隐藏或转移财产的嫌疑，或者一方提出了财产分割请求并怀疑对方存在不当行为，法院为了查明事实真相，可能会要求双方提供银行流水作为证据。

五、建议与指导

在整个过程中，建议咨询专业律师以获取具体的法律指导和帮助。律师可以根据案件的具体情况，为当事人提供合理的怀疑依据、协助准备书面申请、参与法院审查过程，并确保操作的合法性和有效性。

综上所述，起诉离婚时申请查询对方银行流水是一项重要的法律手段，但必须在符合法定条件和程序的前提下进行。通过遵循上述指南，当事人可以更有效地维护自己的合法权益。