起诉后做伤残鉴定并非必须由法院指定鉴定机构，但法院指定是常见且稳妥的方式。 具体分析如下：

1. 当事人可自行委托鉴定，但存在一定风险
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权自行委托有资质的鉴定机构进行伤残鉴定。但需注意：

   • 若对方对鉴定结果提出异议（如质疑鉴定机构资质、程序违法等），法院可能要求重新鉴定；
     
   • 自行委托的鉴定意见需经对方质证，若对方不认可，法院可能不予采信。
     建议：若选择自行委托，务必选择具有合法资质、信誉良好的鉴定机构，并保留完整的鉴定材料（如病历、检查报告等），以增强鉴定意见的证明力。

2. 法院指定鉴定机构更权威，结果易被采信
   在诉讼过程中，当事人可向法院申请由法院委托鉴定机构进行伤残鉴定。法院会通过随机摇号、双方协商等方式指定鉴定机构，程序更公开透明，结果更具权威性。

   • 优势：减少对方对鉴定结果的质疑，降低重新鉴定的风险；
     
   • 流程：当事人需在举证期限内向法院提交书面申请，法院审核后组织双方协商或直接指定鉴定机构。
     建议：若案件争议较大或对方可能对鉴定结果提出异议，优先选择法院指定鉴定机构。

3. 特殊情况下的处理

   • 对方不配合：若对方拒绝参与鉴定机构选择或拒不提供鉴定所需材料，法院可依职权指定鉴定机构并强制对方配合；
     
   • 鉴定结果争议：若一方对鉴定结果有异议，可申请重新鉴定，但需符合《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》中关于重新鉴定的条件（如鉴定机构或人员不具备资质、程序严重违法等）。

总结：伤残鉴定可自行委托或由法院指定，但法院指定更稳妥。若您面临此类问题，建议根据案件具体情况选择合适方式，并提前准备相关证据材料。如有进一步疑问，可直接向我咨询。