结论前置：自离（自动离职）时，用人单位不得无故克扣工资。若因员工自离给用人单位造成实际经济损失，用人单位可以要求赔偿，但每月从工资中扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
一、自离不扣工资的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动的报酬，应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，即使员工自动离职，用人单位也应当支付其已经付出劳动部分的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则。
二、因自离造成损失时的处理
经济损失的认定与赔偿：
- 若员工自离给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致业务受损、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。
- 赔偿的金额需有充分证据支持，证明损失的存在及具体数额。例如，如果因员工自离导致公司项目停滞，公司需要提供项目停滞的具体损失证明，如合同违约金、额外聘请人员的费用等。
工资扣除的限制：
- 从员工工资中扣除赔偿金额时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付。例如，如果员工月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，那么即使员工给公司造成了损失，公司每月最多也只能扣除600元（3000元的20%），并需支付员工剩余的2400元工资，如果损失赔偿超过此数额，需分月扣除或通过其他方式解决。
实例说明：
- 如员工小李月工资4000元，因自离给公司造成了2000元损失，公司最多可每月从小李工资中扣除800元（4000×20%）来弥补损失。如果损失为1000元，则公司只能扣除800元，剩余200元损失需通过其他方式（如协商、法律途径等）解决。
三、自离工资的计算与支付
- 自离员工的工资应当按照其在用人单位的实际用工天数计算，确保劳动者获得其应得的劳动报酬。
- 用人单位在劳动者离职时，应当为其结清工资。若发现员工有未完成的工作或造成的经济损失，应及时与员工协商解决，并在支付工资时进行相应的处理。例如，如果员工在离职前还有未领取的奖金或提成，公司也应一并支付。
四、劳动者权益保护
投诉与仲裁：
- 如果用人单位无故克扣自离员工的工资，劳动者有权向当地的劳动监察部门进行投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。劳动监察部门会依法对用人单位进行调查，并责令其支付克扣的工资。
证据保留：
- 在处理此类争议时，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职证明等，以便在需要时提供证明。例如，如果公司声称员工自离给其造成了损失，但无法提供证据，那么员工可以通过这些证据来维护自己的权益。
五、特殊情况下的处理
- 如果劳动合同或公司规章制度中有关于自离扣工资的特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定可能对双方具有约束力。但即使有这样的约定，用人单位也不能随意大幅扣减工资，仍需遵守上述关于工资扣除的限制。
总结：自离扣多少工资并没有一个固定的答案，它取决于多种因素，包括劳动者是否给用人单位造成经济损失、劳动合同的具体约定以及当地的法律法规等。在处理自离工资问题时，需要具体情况具体分析，并严格遵循相关法律法规的规定。如果你对自离后的工资结算有异议或认为公司扣除的金额不合理，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。