结论：做银行承兑汇票的公司是否合法，取决于公司的具体业务操作是否合法合规。如果公司依法依规进行承兑汇票的流转和使用，且具备必要的资质和许可，那么就是合法的；反之，如果公司从事非法买卖、伪造变造或利用承兑汇票进行诈骗等违法活动，则是不合法的。
详细分析：
合法情况：
- 资质要求：公司若从事票据承兑与贴现等业务，通常需要经过中国人民银行的批准，并取得相应的金融业务许可证。这是确保公司业务合法性的基础。例如，银行作为金融机构，可以依法办理票据贴现业务，为企业提供资金融通服务。
- 真实交易背景：企业因真实的交易关系和债权债务关系而持有、背书转让承兑汇票是合法的商业行为。这种基于真实交易背景的票据流转受到法律保护。例如，两家企业之间因货物买卖而签发和接收承兑汇票，这是合法的商业往来。
- 合规操作：公司在经营过程中，必须严格遵守反洗钱法、票据法、公司法等相关法律法规，确保所有业务活动都符合法律法规和监管要求。
违法情况：
- 非法票据贴现：未经国家有关主管部门批准，擅自从事票据贴现活动，属于违法行为。此类行为可能扰乱金融市场秩序，面临行政处罚甚至刑事处罚。例如，一些非金融机构或个人未经批准，以低买高卖的方式买卖承兑汇票，赚取差价，这是非法的金融活动。
- 伪造、变造承兑汇票：如果公司通过伪造、变造承兑汇票进行交易，骗取他人财物，将构成严重的犯罪行为，如票据诈骗罪等。伪造承兑汇票指假冒出票人或其他票据当事人的名义制作假的承兑汇票；变造则指无权更改票据内容的人对票据上除签章以外的记载事项进行变更。
- 利用承兑汇票进行犯罪活动：如洗钱等，公司利用承兑汇票的流通性和隐蔽性进行违法犯罪活动，同样会面临法律的严厉制裁。例如，通过承兑汇票的流转来掩盖非法资金的来源和去向，这是违法的洗钱行为。
法律后果与案例警示：
- 在实际案例中，涉及承兑汇票非法买卖的行为人往往被法院判处有期徒刑或拘役，并处违法所得一倍以上五倍以下的罚金。这些案例进一步强调了承兑汇票买卖的违法性及其严重后果。例如，某公司未经批准从事票据贴现业务，被监管部门查处并罚款，相关责任人也被追究了刑事责任。
建议与指导：
- 如果您打算开设专门做承兑汇票的公司，务必确保业务合法合规，具备必要的资质和许可，并严格遵守相关法律法规和监管规定。在开设前，建议咨询专业的法律顾问或律师，以确保业务的合法性和合规性。
- 公司应建立健全的内部控制和风险管理制度，确保所有业务活动都符合法律法规和监管要求。对于涉及承兑汇票的交易，应仔细审查交易背景和汇票的真实性，避免卷入任何违法活动。
总之，做银行承兑汇票的公司是否合法，关键在于公司的业务操作是否合法合规。如果您有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。