农村村民若认为国家机关占用了农村集体土地，可通过以下途径依法处理：

1. 核实土地占用合法性
   首先需确认占用行为是否具备合法依据。根据《土地管理法》第四十五条，国家机关因公共利益需要占用集体土地的，必须依法办理征收审批手续（如省级政府或国务院批准），并履行公告、听证、补偿安置等程序。若未完成法定程序，占用行为可能涉嫌违法。
   建议行动：村民可向当地自然资源部门申请信息公开，核查土地征收批文、规划许可等文件是否存在。

2. 协商与行政救济

   • 协商解决：若占用行为合法但补偿不合理，村民可联合集体经济组织与占用方协商，要求重新核定补偿标准（如土地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿等）。
     
   • 行政复议：对征收决定或补偿方案不服的，可在知道该行政行为之日起60日内向上一级政府申请行政复议（如对县级政府征收决定不服，可向市级政府申请复议）。

3. 司法救济途径

   • 行政诉讼：若复议未果或占用行为违法，村民可在6个月内向法院提起行政诉讼，请求撤销违法征收决定或确认占用行为违法，并主张赔偿损失（《行政诉讼法》第十二条）。
     
   • 民事诉讼：若占用行为导致村民个人财产（如房屋、青苗）直接损失，可单独提起民事侵权诉讼，要求赔偿。

4. 特殊情形处理

   • 未批先占：若国家机关未取得征收批文即占用土地，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，村民可向公安机关报案或通过刑事附带民事诉讼追责。
     
   • 历史遗留问题：对1982年《宪法》颁布前无合法手续的占用，可能适用“从旧兼从轻”原则，需结合具体政策处理。

关键提醒：

• 村民应避免采取阻挠施工等过激行为，可能涉嫌违反《治安管理处罚法》甚至《刑法》。
  
• 保留土地权属证明（如集体土地所有权证、承包经营权证）、占用现场照片等证据至关重要。
  

如有进一步疑问或需协助核查具体文件，可直接向我咨询，我将结合地方政策提供针对性分析。