非居民企业合同备案完成后，需根据备案类型及后续业务开展情况，分步骤履行后续义务，主要包括税务申报、税款缴纳、资料留存及配合税务检查等。具体分析如下：
税务申报义务
备案完成后，非居民企业需根据合同性质及收入类型，按期向主管税务机关申报纳税。例如：
- 若合同涉及常设机构（如在中国境内设立分支机构或提供劳务超过6个月），需按季度或年度申报企业所得税，并适用25%税率（或税收协定优惠税率）；
- 若合同属于非居民企业直接取得特许权使用费、股息、利息等被动收入，需在收入实现时申报预提所得税（通常由支付方代扣代缴，但非居民企业仍需确认申报义务是否履行完毕）。
税款缴纳与扣缴
- 若合同涉及源泉扣缴（如支付方为境内企业），需确认支付方是否已按法定税率（如10%预提所得税）代扣代缴税款，并留存完税凭证；
- 若合同涉及自行申报纳税（如常设机构利润分配），需按期缴纳税款，逾期可能产生滞纳金（每日万分之五）或罚款。
资料留存与备查
备案完成后，需妥善保存以下资料至少5年（根据《税收征收管理法》要求）：
- 合同原件及翻译件（如涉及外文）；
- 税务备案表及回执；
- 收入明细、成本费用凭证（如常设机构需核算利润）；
- 完税凭证或代扣代缴证明；
- 税收协定优惠待遇申请文件（如适用）。
配合税务检查与信息报告
- 若税务机关对合同备案内容或纳税情况提出疑问，需在15日内提供补充资料或解释；
- 合同内容发生变更（如金额、期限、支付方式调整），需在变更后30日内重新备案或更新信息；
- 年度终了后，常设机构需按《企业所得税法》要求编制年度财务报表，并申报纳税。
风险提示：若未履行上述义务，可能面临以下后果：
- 税务机关可追缴税款及滞纳金，并处不缴或少缴税款50%至5倍罚款；
- 影响企业纳税信用评级，导致后续业务受限（如发票领用、税收优惠享受）；
- 若涉及跨境税收争议，可能需通过相互协商程序解决，增加合规成本。
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