调整招标约定的支付条款的补充协议是否有效，需根据具体情况分析，但一般来说，只要满足一定条件，该补充协议是有效的。以下是对该问题的详细解答：
一、补充协议有效性的基本原则
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的适用：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 若调整招标约定的支付条款的补充协议满足上述条件，那么该补充协议是有效的。
补充协议与原合同的独立性：
- 补充协议作为对原合同的修改或补充，其有效性并不必然受原合同其他条款的影响。只要补充协议本身满足法律规定的生效条件，且不违反原合同中的禁止性规定（如有），那么它就是有效的。
二、影响补充协议效力的特殊情形
招标程序的合规性：
- 如果招标过程本身存在违法违规行为，如未按照法定程序进行招标、存在串标、围标等情形，那么基于该招标过程签订的合同及其补充协议可能因违反法律强制性规定而无效。
- 但若招标过程合法合规，仅是对支付条款进行调整，且该调整不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，那么补充协议通常是有效的。
支付条款调整的合理性：
- 支付条款的调整应当合理且符合商业惯例。如果调整后的支付条款显失公平或存在其他不合理之处，可能影响补充协议的效力。
- 例如，如果调整后的支付条款导致一方承担过重的经济负担，而另一方则获得不合理的利益，那么该补充协议可能因显失公平而被撤销或变更。
双方当事人的意思表示：
- 补充协议的签订应当基于双方当事人的真实意思表示。如果一方在签订补充协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方在违背真实意愿的情况下签订补充协议，那么该补充协议可能因意思表示不真实而无效。
三、法律后果与责任承担
补充协议有效时的履行：
- 如果补充协议有效，双方当事人应当按照补充协议的约定履行各自的权利和义务。对于因支付条款调整而产生的新的权利义务关系，双方应当积极履行，以确保合同的顺利履行。
补充协议无效或被撤销时的处理：
- 如果补充协议因违反法律强制性规定、显失公平或意思表示不真实等原因而无效或被撤销，双方应当根据《中华人民共和国民法典》的相关规定处理无效或被撤销后的法律后果。
- 这可能包括返还财产、折价补偿、赔偿损失等责任承担方式。具体处理方式应根据实际情况和法律规定进行确定。
四、建议与注意事项
签订前仔细审查：
- 在签订调整招标约定的支付条款的补充协议前，双方应当仔细审查原合同和补充协议的内容，确保补充协议的签订符合法律规定和原合同的约定。
明确约定争议解决方式：
- 在补充协议中明确约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够及时、有效地解决。
保留相关证据：
- 在签订和履行补充协议过程中，双方应当保留相关证据，如会议纪要、邮件往来、签字确认的文件等，以证明补充协议的签订和履行情况。
综上所述，调整招标约定的支付条款的补充协议在满足一定条件下是有效的。但为了确保补充协议的合法性和有效性，建议双方在签订前仔细审查相关条款和法律规定，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。