共同贪污款应通过合法合规的途径上交至国家指定的账户或机构，具体操作需根据案件性质、涉案金额及司法机关要求进行。以下是详细说明：

1. 上交主体与程序
   共同贪污案件中，所有涉案人员均负有退赃义务。通常由司法机关（如检察院、法院）主导退赃程序，涉案人员或其家属需将赃款交至司法机关指定的专用账户，并保留转账凭证、收据等书面证据。若案件已进入审判阶段，法院可能直接责令退赔，此时需按判决书要求履行。

2. 上交时间节点

   • 侦查阶段：若在案件调查期间主动退赃，可能构成“认罪认罚”情节，对量刑有积极影响。
     
   • 审查起诉阶段：向检察院提交退赃申请，需附转账证明及书面说明。
     
   • 审判阶段：法院会明确退赔金额及期限，逾期未履行可能面临强制执行。

3. 法律后果与注意事项

   • 量刑影响：根据《刑法》第六十七条，主动退赃可视为“认罪悔罪”表现，依法可从轻或减轻处罚。
     
   • 共同责任区分：若涉案人员对贪污金额的分配有争议，需通过司法程序明确各自责任范围，避免因退赃比例问题引发后续纠纷。
     
   • 合法性审查：确保资金来源合法，避免以其他违法所得退赃，否则可能构成新的犯罪。

4. 特殊情形处理

   • 赃款已转移或挥霍：需向司法机关说明情况，可能需以等值财产退赔。
     
   • 涉案人员逃匿或死亡：由其遗产继承人或财产代管人承担退赔责任。

建议：具体操作前，涉案人员应委托律师协助与司法机关沟通，确保退赃程序合法合规，最大限度维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。