核心结论：公务员工作多年后发现因直系亲属有罪导致政审不合格，需分情况处理，具体如下：

1. 政审不合格的认定依据与程序合法性审查
   根据《公务员法》第二十六条及《公务员录用考察办法（试行）》第九条，公务员录用及任职期间需通过政治审查，直系亲属（父母、配偶、子女）存在危害国家安全、严重刑事犯罪等情形可能影响录用。若单位以“政审不合格”为由作出处理，首先需核实认定依据是否合法：

   • 若政审结论依据的是入职前已存在的犯罪记录（如直系亲属在考生入职前已被定罪），但单位在录用时未发现，现以“隐瞒政审问题”为由追责，需审查录用程序是否合规。若录用时未尽到合理审查义务（如未要求考生签署《无犯罪记录亲属承诺书》或未核查亲属犯罪记录），单位可能存在程序瑕疵，考生可主张处理决定违法。
     
   • 若政审结论依据的是入职后直系亲属新发生的犯罪行为（如父母在考生工作期间因危害国家安全被判刑），根据《公务员法》及相关规定，此类情形通常不影响已入职人员的职务稳定性，除非考生本人存在包庇、纵容等违法行为。单位以此为由解除职务或处分需有明确法律依据，否则可能构成违法。

2. 救济途径与程序
   若单位处理决定缺乏合法依据，可通过以下途径维权：

   • 内部申诉：根据《公务员法》第九十五条，公务员对涉及本人的处分、辞退等处理不服的，可自知道该处理之日起30日内向原处理机关申请复核，或向同级公务员主管部门提出申诉。申诉期间不停止处理决定的执行，但复核、申诉机关认为需要停止的除外。
     
   • 行政复议或诉讼：若内部申诉未获支持，可向上一级机关或同级政府申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。需注意，公务员与单位之间的争议属于内部行政行为，部分情形可能需先经过申诉程序才能进入司法审查。
     
   • 证据收集：维权过程中需重点收集以下证据：政审结论的具体依据（如直系亲属犯罪时间、罪名）、单位处理决定的书面文件、录用时的政审材料、直系亲属犯罪与本人职务无关的证明（如无共同犯罪、无包庇行为）等。

3. 实务建议

   • 核实政审结论的合法性：要求单位出具书面处理决定，明确政审不合格的具体事由及法律依据，避免口头通知。
     
   • 区分“入职前”与“入职后”情形：若直系亲属犯罪发生在入职前，需审查单位录用时是否尽到审查义务；若发生在入职后，原则上不影响职务，除非存在法定例外情形。
     
   • 谨慎处理与单位的关系：在维权过程中保持理性，避免与单位发生直接冲突，优先通过书面申诉或法律程序解决争议。
     

总结：公务员因直系亲属犯罪被认定政审不合格的，需根据犯罪时间、单位处理依据等具体情形分析合法性，并通过内部申诉、行政复议或诉讼等途径维权。建议尽快收集相关证据，咨询专业律师制定具体方案。