针对超限超载且主车与挂车不属于同一公司的情况，处罚会依据相关法律法规对主车和挂车分别进行，并可能涉及对两个公司的连带责任追究。以下是对此问题的详细分析：
一、处罚依据
《中华人民共和国道路交通安全法》：该法规定了车辆超限超载的处罚措施，包括罚款、扣留车辆等。对于超限超载的违法行为，无论主车和挂车是否属于同一公司，都将依法受到处罚。
《公路安全保护条例》：该条例进一步明确了公路超限超载运输的治理措施，包括源头治超、路面执法等。对于超限超载的车辆，相关部门将依法进行查处，并对违法车辆及其所属公司进行处罚。
二、处罚措施
对主车的处罚：
- 如果主车存在超限超载行为，将依法对主车进行罚款、扣留车辆等处罚。
- 罚款金额通常根据超限超载的程度和违法情节的严重性来确定，可能涉及数千至数万元不等的罚款。
对挂车的处罚：
- 同样，如果挂车存在超限超载行为，也将依法对挂车进行罚款、扣留车辆等处罚。
- 处罚措施与主车相同，罚款金额也根据超限超载的程度和违法情节的严重性来确定。
对两个公司的连带责任追究：
- 如果主车和挂车不属于同一公司，但两者在超限超载行为中存在共同过错或相互协作的情况，相关部门可能会追究两个公司的连带责任。
- 连带责任可能包括共同承担罚款、赔偿损失等法律责任。
三、特殊情况考虑
如果主车或挂车公司能够证明自身无过错：
- 如果主车或挂车公司能够提供充分证据证明自身在超限超载行为中无过错，如车辆被非法改装、货物被非法装载等，可能减轻或免除其法律责任。
如果超限超载行为导致交通事故：
- 如果超限超载行为导致交通事故发生，相关公司将面临更严重的法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
四、法律建议
加强车辆管理：
- 主车和挂车公司应加强对车辆的管理，确保车辆符合法定载重标准，避免超限超载行为的发生。
完善内部制度：
- 公司应建立完善的内部管理制度，明确车辆装载、运输等环节的责任和义务，防止因管理不善导致超限超载行为。
积极配合调查：
- 如果发生超限超载行为，公司应积极配合相关部门的调查和处理工作，如实提供相关证据和信息，以便尽快解决问题并减轻法律责任。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。