申请书涂改后的处理方式需根据涂改的性质、影响及具体场景来判断，以下是分情况的处理建议：

1. 若涂改内容不影响申请书核心意思，且涂改处有申请人签字确认或按手印
   这种情况下，涂改通常不会导致申请书无效。但为确保严谨性，建议在涂改处旁边注明“此处修改经本人确认”，并签字或按手印，避免后续因涂改产生争议。若申请书需提交给行政机关、法院等机构，可提前联系对方确认是否接受涂改后的文件，或是否需要重新提交。

2. 若涂改内容涉及关键信息（如金额、日期、主体名称等），且未签字确认
   关键信息的涂改可能引发对申请书真实性的质疑，甚至导致申请被驳回。此时应立即重新填写一份完整的申请书，确保所有信息准确无误，并避免涂改。若已提交涂改版本，需尽快联系接收方说明情况，并补交无涂改版本。

3. 若涂改是他人未经授权所为（如被篡改）
   若申请书被他人恶意涂改，可能涉及伪造、变造公文等法律风险。此时应立即保留涂改前后的对比证据（如照片、复印件），并向公安机关报案，同时联系接收方说明情况，避免因涂改内容承担不利后果。

4. 若申请书有明确格式要求（如法院诉讼材料、政府申报文件等）
   部分机构对申请书的格式有严格规定（如禁止涂改、需使用特定纸张等）。若涂改违反了这些规定，可能导致申请被退回。此时应严格按照要求重新准备材料，并注意未来提交时遵守规范。

总结建议：

• 涂改后务必签字确认，避免关键信息涂改；
  
• 优先选择重新填写而非涂改，尤其是正式法律文件；
  
• 若已涂改且无法重新填写，及时与接收方沟通说明情况。
  

若有具体场景或文件类型（如合同、诉讼材料、行政申请等），可进一步向我说明，我会结合实务经验为你提供更针对性的建议。