结论：签协议时，通常是甲乙双方各执一份，以确保各自权益和便于履行。但在特殊情况下，如多方协议、需备案存档或双方有特殊约定时，协议的份数可以灵活调整。
详细分析：
常规情况：
- 在大多数协议签订场景中，为了保障双方的权益和便于协议的履行，协议文本会制作两份，甲乙双方各执一份。这样做的好处是，双方都能随时查阅协议内容，确保按照约定准确履行责任，减少因遗忘或误解条款而产生的纠纷。同时，若一方违反协议，另一方可依据手中的协议文本通过法律途径维护自身权益。
特殊情况：
- 多方协议：如果协议涉及三方或更多当事人，那么协议文本的份数通常会根据当事人数量确定，每个当事人都应持有一份。例如，甲、乙、丙三方的合作协议，通常会制作三份，各方各执一份。
- 一式多份：除了当事人各方持有外，根据具体情况，可能还需向相关部门提交备案、存档等。此时，协议会制作多份。例如，某些合同需向政府主管部门登记备案，则除了双方各自持有的一份外，还会额外准备一份用于备案。
- 特殊约定：在某些特殊情况下，双方可约定协议仅由一方持有或保存在特定地点。例如，保密协议可能会约定将原件存放在双方都认可的安全保管机构，而双方仅持有复印件；或在某些合作中，出于管理或其他合理原因，经双方协商一致后，由一方暂时统一保管协议文本。但这种情况较为少见，且需要双方有明确的约定和信任基础。
确保协议原件的重要性：
- 无论协议的具体份数如何安排，确保协议的每一方都能有效获取并保存协议原件（或经认证的副本）是非常重要的。这是因为原件在法律上具有最高的证明力，能在未来出现争议时作为最有力的证据。如果只有一方持有原件，而另一方无法提供有效的协议文本，可能会在处理纠纷时处于不利地位。
建议：
- 在签订协议前，双方应明确协议的份数和持有方式，并在协议中明确约定。
- 如果协议涉及多方或需要备案存档，应提前了解相关要求，并准备足够的协议文本。
- 无论何种情况，都应确保协议的每一方都能有效获取并妥善保存协议内容，以保障各自的合法权益。
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