合作建房协议书遗失后，并没有一个特定的“相关部门”直接负责处理此类遗失问题，但可以通过以下途径进行补救和处理：

1. 尝试找回原件或副本：

   • 首先，应仔细回忆并搜索可能存放协议书的地方，如办公室、家中、档案柜等，看是否能找到原件或副本。
   • 如果协议书是与其他方共同签署的，可以联系其他签署方，看他们是否保留有协议书的副本或原件，并请求他们提供一份复印件或扫描件。

2. 协商补签或确认协议内容：

   • 如果无法找回原件或副本，且其他签署方也无法提供，那么应尽快与其他签署方进行协商，看是否可以补签一份新的协议书，或者通过书面形式确认原协议书的内容。
   • 在协商过程中，应确保所有签署方都对原协议书的内容有清晰的记忆，并能够就关键条款达成一致意见。

3. 寻求法律帮助以确认协议效力：

   • 如果合作建房协议书遗失后，各方对协议内容存在争议，或者担心协议书的遗失会影响其法律效力，那么可以寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以根据相关法律法规和司法实践，对协议书的法律效力进行评估，并提供法律意见和建议。
   • 在某些情况下，律师还可以协助各方通过法律程序确认协议书的效力，如通过法院判决或仲裁裁决等方式。

4. 考虑其他证据形式：

   • 如果协议书确实无法找回，且各方无法就协议内容达成一致意见，那么可以考虑寻找其他证据形式来证明合作建房的事实和约定。
   • 例如，可以寻找与合作建房相关的付款记录、通信记录、照片或视频等证据，这些证据可以在一定程度上证明合作建房的事实和约定。

在处理合作建房协议书遗失问题时，还需要注意以下几点：

• 及时性：一旦发现协议书遗失，应尽快采取行动，以避免因时间拖延而导致证据灭失或各方记忆模糊。
• 保密性：在处理协议书遗失问题的过程中，应注意保护各方隐私和商业秘密，避免信息泄露给无关方。
• 合法性：在补签协议书或确认协议内容时，应确保所有行为都符合相关法律法规的规定，避免因违法行为而导致协议无效或产生其他法律后果。

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