公司扣款导致员工三个月没收入，这种行为一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法扣款情形与限度
法定扣款情形：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位可以代扣劳动者工资的情形主要包括：代扣代缴个人所得税；代扣代缴应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
- 若公司扣款属于上述法定情形，且扣款金额未超过法定限度（如社会保险费用、个人所得税等应扣款项的具体金额依据相关法律法规确定），则是合法的。但即便如此，扣款后员工的工资也不得低于当地的最低工资标准。
非法定扣款或超限度扣款：
- 如果公司扣款并非基于上述法定情形，或者扣款金额超过了法定限度，导致员工三个月没收入，这种行为就是违法的。例如，公司以员工违反规章制度为由进行罚款，但罚款金额过高，或者罚款理由不充分、程序不合法等。
违法扣款的法律后果
补发工资与赔偿：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位违法扣减劳动者工资的，劳动者有权要求用人单位补发被扣减的工资，并可能要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的具体金额可能根据劳动者的实际损失、用人单位的违法情节等因素确定。
劳动行政部门处罚：
- 劳动行政部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并可能对用人单位处以罚款等行政处罚。
员工应对措施
与公司协商：
- 员工可以先尝试与公司进行协商，了解扣款的具体原因和依据，要求公司补发被扣减的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理公司的违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 员工还可以根据具体情况，选择向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某员工月工资为5000元，公司以员工违反规章制度为由罚款3000元，导致员工该月仅收到2000元工资。若该罚款并非基于法定情形，或者罚款金额过高（如超过了员工当月工资的20%，且未经过民主程序制定并公示的规章制度作为依据），则公司的行为就是违法的。员工有权要求公司补发被扣减的3000元工资，并可能要求公司支付赔偿金。
建议：如果你遇到了公司违法扣款的情况，建议先收集相关证据（如工资条、扣款通知、公司规章制度等），然后与公司进行协商。如果协商无果，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。