在债务已结清的情况下，原告撤诉需通过以下程序完成，具体分两种情况处理：

1. 双方已达成书面和解协议
   若您与原告已签订书面还款协议并履行完毕（如转账记录、收条等），可主动联系原告或其代理人，要求其向法院提交《撤诉申请书》。根据《民事诉讼法》第148条，原告在宣判前有权撤诉，法院审查后若认为符合条件（如纠纷已解决），会裁定准予撤诉。此时诉讼程序终止，案件以“撤诉”方式结案。

2. 未达成书面协议但已实际履行
   若仅通过口头协商还款且无书面证据，需分两步操作：

   • 固定履行证据：立即收集还款凭证（如银行转账记录、微信/支付宝转账截图、原告出具的收条等），若通过现金还款，可补充证人证言或录音录像证明还款事实。
     
   • 申请法院确认：将证据提交至承办法官，申请法院组织双方调解或直接出具《民事裁定书》确认债务已清偿。法院核实后，会通知原告撤诉或依职权裁定终结诉讼。若原告拒绝配合，您可提交《答辩状》附证据，主张债务已消灭，请求法院驳回原告诉求。

关键提醒：

• 撤诉需原告主动申请，您无法直接操作，但可通过提供证据推动原告撤诉或由法院依职权处理。
  
• 若原告坚持不撤诉，法院会继续审理。此时您需在答辩期内提交还款证据，法院将根据事实判决驳回原告诉求，案件结果与撤诉效果相同（均不会产生败诉记录）。
  
• 建议全程保留书面沟通记录（如微信、短信），避免口头协商无证据留存的风险。

后续建议：
若您对撤诉程序或证据固定有疑问，可直接向我提供案件细节（如是否签订协议、还款方式等），我会进一步分析操作路径。