私自在小客车车顶开天窗属于非法改装行为，将面临罚款、责令恢复原状等处罚。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。车顶开天窗显然改变了车辆原有的结构，属于非法改装范畴。
   • 同时，《机动车登记规定》也明确要求，已注册登记的机动车有改变车身颜色、更换发动机、车身或者车架等情形的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记。私自开天窗未进行变更登记，违反了该规定。

2. 处罚措施：

   • 罚款：根据《机动车登记规定》第七十九条，擅自改变机动车外形和已登记的有关技术参数的，由公安机关交通管理部门责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。因此，私自在小客车车顶开天窗，将面临五百元以下的罚款。
   • 责令恢复原状：除了罚款外，公安机关交通管理部门还会责令车主将车辆恢复原状，即拆除私自安装的天窗，恢复车辆原有的结构。

3. 其他影响：

   • 车辆年检：非法改装的车辆在年检时通常无法通过，需要恢复原状后才能进行年检。
   • 保险理赔：如果车辆因非法改装导致事故，保险公司可能会拒绝理赔或降低理赔比例。
   • 车辆转让：非法改装的车辆在转让时可能会遇到困难，因为买家可能会担心车辆的法律问题和安全隐患。

建议：如果车主有在小客车车顶开天窗的需求，应先向当地车辆管理所咨询相关政策和流程，了解是否允许进行此类改装以及需要办理哪些手续。在获得合法许可后，再进行改装并办理变更登记手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。