结论：公章可以盖在合同或协议上，且通常具有法律效力，但具体效力需结合协议性质、内容及相关法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、从法律效力角度分析

1. 一般情况有效
   根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或按指印时合同成立。公章作为法人权利的象征，经工商机关登记备案确认，加盖公章通常代表公司或组织对协议内容的认可和承诺，具备法律效力。例如，公司间签订的采购合同、合作协议等，加盖公章后即对双方产生约束力。

2. 特殊情况效力存疑

   • 协议内容违法：若协议涉及的事项超出公司经营范围或违反法律法规强制性规定（如未经批准从事金融衍生品交易），即使盖有公章，协议也可能被认定为无效。
     
   • 公章伪造或违规使用：如公章系伪造，或盖章行为存在欺诈、胁迫等情形（如内部人员私自伪造公章签订协议），协议对公司不产生法律效力。
     
   • 特定合同类型要求：对于某些特定合同（如劳动合同），法律可能要求劳动者本人签字并盖章，不能仅由公司盖章代替。

二、从实践操作角度分析

1. 视协议主体而定

   • 公司或组织：公司间签订的协议，加盖公章是常见且被广泛认可的方式。有时还要求法定代表人或授权代表同时签字，以确保协议的有效性和可执行性。
     
   • 自然人：自然人之间签订的协议通常是签字或按指印。自然人一般没有公章，如有特殊情况使用个人印章，需结合其他证据（如身份证复印件、见证人签字等）确认其真实性和有效性。

2. 不同行业和领域的惯例
   在某些行业或领域，可能存在特定的盖章要求或惯例。例如：

   • 建筑工程领域：可能还需加盖项目专用章，以明确协议与具体项目的关联性。
     
   • 金融领域：一些重要合同（如贷款合同、担保合同）可能需要同时加盖公章和骑缝章，以确保合同的完整性和真实性。

三、综合建议

1. 审查协议内容：在签订协议前，务必审查协议内容是否合法、合规，避免因内容违法导致协议无效。
   
2. 确认公章真实性：确保加盖的公章是真实、有效的，避免因公章伪造或违规使用导致法律风险。
   
3. 结合行业惯例：根据协议所在行业或领域的惯例，确定是否需要加盖其他印章（如项目专用章、骑缝章等）。
   
4. 保留证据：在签订协议时，建议保留盖章过程的证据（如照片、视频等），以备不时之需。

示例：

• 有效案例：A公司与B公司签订采购合同，双方加盖公章并由法定代表人签字，合同内容合法合规，该合同具有法律效力。
  
• 无效案例：C公司未经批准从事金融衍生品交易，与D公司签订相关协议并加盖公章，因内容违法，该协议被认定为无效。

如有进一步疑问或需要具体法律指导，可以直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供更详细的解答。