结论：学校将三方协议纳入课程本身并不直接违法，但需满足特定条件且不得违反相关法律规定。具体是否合法，需结合以下角度分析：

1. 教育自主权与课程设置的合法性
   根据《教育法》和《高等教育法》，学校享有自主设置课程、选择教学内容的权利。若三方协议（如校企合作协议、实习协议等）内容与专业培养目标相关，且作为实践教学环节纳入课程体系（例如法律实务、商务谈判等课程），属于学校行使教育自主权的范畴，通常合法。
   例外情形：若协议内容与课程无关，或强制学生签署与学业无关的协议（如商业合作协议），可能涉嫌滥用教育自主权。

2. 学生权益保护的角度
   若三方协议涉及学生义务（如实习期限、劳动报酬、违约责任等），需符合《职业教育法》《劳动法》及《未成年人保护法》（如涉及未成年学生）的规定：

   • 自愿原则：学生有权自主选择是否签署协议，学校不得以学分、毕业等条件强制要求签署；
     
   • 公平性：协议条款不得显失公平（如要求学生承担过高违约责任）；
     
   • 劳动权益：若协议涉及实习，需保障学生劳动安全、报酬支付等权益，否则可能违反《职业学校学生实习管理规定》。

3. 协议内容与法律冲突的风险
   若三方协议中包含以下条款，可能因违法而无效，学校将协议纳入课程的行为亦可能被认定为不当：

   • 免除学校法定责任（如实习中发生人身伤害的免责条款）；
     
   • 违反强制性规定（如要求学生缴纳“培训费”“保证金”等）；
     
   • 限制学生合法权利（如禁止学生考研、考公等）。

建议：

• 对学校而言，若将三方协议纳入课程，应确保协议内容合法、与课程相关，并充分保障学生知情权和选择权；
  
• 对学生而言，若认为协议条款侵犯权益，可向学校提出异议，或向教育主管部门投诉，必要时通过法律途径维权。
  

如有具体协议内容或学校操作细节需要分析，可直接向我咨询。