交通事故发生两年后，原则上不能再就同一事项申请司法鉴定，但存在例外情形。具体分析如下：

1. 一般情况下的时效限制
   根据《司法鉴定程序通则》及相关法律规定，司法鉴定的申请通常需在诉讼时效或举证期限内提出。交通事故损害赔偿纠纷的诉讼时效为三年（自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算），但鉴定申请需与诉讼程序紧密关联。若事故发生两年后尚未启动诉讼程序，且无证据证明存在时效中断/中止情形（如对方同意履行、不可抗力等），此时申请鉴定可能因超过合理期限被法院或鉴定机构驳回。

2. 例外情形：新证据或特殊需求

   • 新证据出现：若两年后发现与事故直接相关的新证据（如隐蔽伤情、后遗症等），且能证明该证据与事故存在因果关系，可向法院申请重新鉴定。例如，事故初期未发现的脑损伤在两年后确诊，且能通过医学证明与事故关联。
     
   • 对方同意或程序需要：若双方协商一致同意重新鉴定，或诉讼中法院认为原鉴定存在瑕疵（如程序违法、依据不足等），可依职权或应申请启动重新鉴定。
     
   • 特殊鉴定类型：部分鉴定（如车辆性能、痕迹物证）若未受时间影响（如车辆未维修、痕迹未破坏），仍可能被受理，但需鉴定机构评估可行性。

3. 实务建议

   • 立即行动：若符合例外情形，应尽快向法院提交书面申请，附新证据或原鉴定瑕疵说明，避免因拖延丧失机会。
     
   • 咨询专业机构：联系司法鉴定中心，说明具体情况（如伤情变化、新证据类型），确认是否具备鉴定条件。
     
   • 法律程序配合：若在诉讼中申请，需在举证期限内提出；若未诉讼，可先通过律师函或协商固定争议焦点，再启动鉴定。

总结：两年后申请鉴定难度较大，但并非绝对禁止。需结合具体案情（如新证据、程序瑕疵等）判断可行性，建议尽快委托律师评估并启动程序。如有进一步细节（如伤情类型、是否已诉讼等），可向我补充说明，以便更精准分析。