申请国家赔偿的两年时效期间，并不包含走民事诉讼的那段时间。以下是对这一问题的详细解释：
一、国家赔偿时效的基本规定
根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条的规定，赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算。这一规定明确了国家赔偿请求的时效期间及其起算点。
二、时效中断与民事诉讼的关系
时效中断的情形：
- 在时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
- 赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，适用时效中止的规定。但需要注意的是，法律并未规定因提起民事诉讼而导致国家赔偿时效中断的情形。
民事诉讼对国家赔偿时效的影响：
- 民事诉讼与国家赔偿是两种不同的法律程序，它们各自有独立的时效规定。
- 提起民事诉讼并不会导致国家赔偿时效的中断或重新计算。即使赔偿请求人在民事诉讼期间，其国家赔偿的请求权仍然在原有时效期间内计算。
三、实际操作中的建议
及时行使请求权：
- 赔偿请求人应在知道或应当知道权利被侵犯之日起两年内及时行使请求权，避免因超过时效期间而丧失请求赔偿的权利。
注意时效期间的计算：
- 赔偿请求人应准确计算时效期间的起算点和截止点，确保在有效期内提出赔偿请求。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答中可省略此句，因已明确告知用户可直接咨询）：
- 如对国家赔偿时效的计算或行使请求权有疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律解答。
四、特殊情况下的考虑
- 如果赔偿请求人在时效期间内因特殊原因（如被羁押、限制人身自由等）无法行使请求权，且这些原因与国家机关及其工作人员的行为有关，那么可能构成时效中止的法定事由。但这种情况需要具体分析，并依据相关法律规定进行判断。
综上所述，申请国家赔偿的两年时效期间并不包含走民事诉讼的那段时间。赔偿请求人应在知道或应当知道权利被侵犯之日起两年内及时行使请求权，并注意时效期间的准确计算。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。