在烟草行政处罚中，无证运输烟草专卖品被没收后，一般不能直接减轻处罚为仅罚没部分款项，但存在法定减轻处罚情节时，可以依法减轻处罚，不过减轻处罚的形式不一定是仅罚没款项。具体分析如下：

一、法定处罚原则

根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例的相关规定，无证运输烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照国家规定的价格收购违法运输的烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。这里的处罚原则是明确的，即首先处以罚款，并可以收购违法运输的烟草专卖品，情节严重时则没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。

二、减轻处罚的法定情形

减轻处罚通常适用于存在法定减轻情节的情况。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，当事人有下列情形之一的，应当依法从轻或者减轻行政处罚：

1. 主动消除或者减轻违法行为危害后果的：如果当事人在被查处后，能够主动采取措施消除或者减轻违法行为的危害后果，如主动交出违法运输的烟草专卖品、配合调查等，可能构成减轻处罚的情节。
2. 受他人胁迫或者诱骗实施违法行为的：如果当事人是在受到他人胁迫或者诱骗的情况下实施无证运输烟草专卖品的违法行为，且能够提供相关证据证明，也可能构成减轻处罚的情节。
3. 配合行政机关查处违法行为有立功表现的：如果当事人在配合行政机关查处违法行为过程中有立功表现，如提供重要线索、协助抓捕其他违法嫌疑人等，同样可能构成减轻处罚的情节。
4. 其他依法从轻或者减轻行政处罚的：除了上述情形外，如果存在其他依法应当从轻或者减轻行政处罚的情形，如当事人年龄、健康状况等特殊情况，也可能构成减轻处罚的依据。

三、减轻处罚的形式

减轻处罚的形式并不局限于仅罚没部分款项。根据违法行为的性质、情节以及当事人的具体情况，减轻处罚可以采取多种形式，如降低罚款数额、缩短处罚期限、免除部分处罚等。在无证运输烟草专卖品的案件中，如果当事人存在法定减轻情节，烟草专卖行政主管部门可以根据具体情况依法决定减轻处罚的形式和幅度。

四、实际操作中的考量

在实际操作中，烟草专卖行政主管部门在决定是否减轻处罚以及减轻处罚的形式和幅度时，会综合考虑多种因素，包括违法行为的性质、情节、危害后果以及当事人的态度、配合程度等。因此，即使当事人存在法定减轻情节，也不一定能够直接减轻处罚为仅罚没部分款项。

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