特别纳税调整加收利息主要适用于以下情形：
关联交易不符合独立交易原则：当企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整，并在此基础上加收利息。这是特别纳税调整加收利息的最主要情形，旨在防止企业通过关联交易避税，确保税收公平。
预约定价安排相关调整：若企业与其关联方签订了预约定价安排，但后续实际情况与预约定价安排不符，导致应纳税额发生变化的，税务机关在进行特别纳税调整时，也可能加收利息。这主要是为了维护税收的确定性和公平性，防止企业利用预约定价安排进行避税。
成本分摊协议相关调整：企业与其关联方签署成本分摊协议，但未按独立交易原则分摊成本，导致企业或者其关联方应纳税的收入或者所得额减少的，税务机关在进行特别纳税调整时，同样会加收利息。这是为了确保成本分摊的公平性和合理性，防止企业通过不合理的成本分摊来避税。
利息的计算与加收：
利率标准：特别纳税调整加收的利息，通常按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。这一利率标准旨在体现对企业避税行为的惩罚性，同时确保税收的及时入库。
计息期间：利息的计息期间自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款入库之日止。若企业按照规定提供同期资料和其他相关资料的，或者按照规定免于准备同期资料但根据税务机关要求提供其他相关资料的，可以只按照基准利率计算加收利息。
特别提醒：
企业在进行关联交易时，应严格遵守独立交易原则，确保交易价格的公平性和合理性，以避免被税务机关进行特别纳税调整并加收利息。
若企业收到税务机关的特别纳税调整通知，应及时与税务机关沟通，了解调整的具体原因和依据，并按照规定的时间和要求补缴税款及利息。
在处理特别纳税调整相关事宜时，企业可寻求专业税务律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。